גזר הוא ירק שורש עדין במיוחד בכל הנוגע להשקיה. העיקרון המנחה: השקיה אחידה וסדירה לאורך כל העונה, עם הבדלים ברורים בין חורף לקיץ בישראל. שתילת הסתיו-חורף (אוקטובר-דצמבר) מאפשרת ניצול הגשמים, אך גם בחורף יש להשלים השקיה בימי יובש.
בחורף (נובמבר-פברואר): השקה פעם ב-5 עד 7 ימים, תלוי בגשם. כמות מים של כ-20 עד 30 מ"מ למ"ר (כ-20 עד 30 ליטר למ"ר) בכל השקיה. המצע צריך להיות לח בעומק 15 עד 20 ס"מ, לא רטוב מדי. בקיץ (מרץ-מאי, לגידול מאוחר): השקה כל 2 עד 3 ימים, 30 עד 40 מ"מ למ"ר, כי האידוי גבוה והשורשים רגישים ליובש.
סימני חוסר מים: עלים נבולים בשעות החמות, שורשים קטנים, סיביים וקשים, טעם מר. סימני עודף מים: עלים מצהיבים, ריקבון שורשים (במיוחד בקרקע כבדה), צמיחה איטית. בדיקת רטיבות פשוטה: נעצו אצבע לעומק 5 ס"מ, אם יבש, השקו; אם לח, דלגו.
טיפים: השקו בבסיס הצמח (לא על העלים) למניעת מחלות פטרייתיות. השקיה בטפטוף עדיפה על ממטרה. הפחיתו תדירות ככל שהשורש מתעבה (לקראת קטיף) כדי למנוע פיצוח. גזר רגיש למליחות, השתמשו במים באיכות טובה.
