גזר (Daucus carota) מותקף לעיתים קרובות על ידי זבוב הגזר (Psila rosae). הזחלים חודרים לשורש ויוצרים מנהרות חומות. כדי לזהות אותו, שימו לב לעלים המצהיבים ולצמיחה מעוכבת. הטיפול האורגני המומלץ הוא כיסוי הערוגה ברשת צפופה (רשת נגד חרקים, 0.8 מ"מ) מיד לאחר הזריעה, ומניעת גישה של הזבוב הבוגר. כמו כן, הימנעו משתילה ליד סלרי או פטרוזיליה, המושכים את אותו מזיק.
כנימות (בעיקר כנימת העלים, Cavariella aegopodii) מופיעות באביב על העלים הצעירים. הן מוצצות מוהל ומפרישות טל דבש, שעלול לגרום לפטריית יניקת עלים. לריסוס אורגני השתמשו בתמיסת סבון אשלגני רך (2 עד 3 מ"ל לליטר מים) פעם ב-5 עד 7 ימים. ריסוס בשמן נים (5 מ"ל לליטר) יסייע גם הוא. חשוב לבדוק את צד העלים התחתון, שם הכנימות מסתתרות.
מחלות פטרייתיות כמו חלודה עלי גזר (Puccinia carotina) מתבטאות בכתמים כתומים-חומים על העלים. מניעה: השקיה בטפטוף (לא ממטרה) כדי להרטיב רק את השורש, ומרווחים של 5 עד 7 ס"מ בין צמחים לאוורור. אם המחלה מתפרצת, הסירו עלים נגועים ואל תשאירו שאריות צמחים בערוגה. ריקבון רך (Erwinia carotovora) פוגע בשורשים בקרקע לחה מדי; מנעו על ידי ניקוז טוב והימנעות מהשקיית יתר.
אקריות (קרדית האדום, Tetranychus urticae) תוקפות בתנאי יובש וחום. הסימן: עלים מנומרים בגוון ברונזה וקורים דקים. הטיפול: הגבירו לחות סביב הצמחים על ידי ריסוס מים על העלים בשעות הבוקר המוקדמות, או שחרור טורפים טבעיים כמו אקריות טורפות (Phytoseiulus persimilis). לחלופין, רססו בסבון אשלגני או בשמן נים. חשוב לבדוק את הצמחים מדי שבוע, במיוחד בקיץ.
