צנון שחור, כמו שאר ירקות המצליבים, רגיש למספר מזיקים ומחלות. המזיקים הנפוצים ביותר בישראל הם כנימות עלה (כנימת הכרוב), זבובי עלים (מינרים) ופרעושי אדמה. המחלות השכיחות כוללות ריקבון רך (Erwinia) וכתמי עלים פטרייתיים (Alternaria, Peronospora). מניעה מתחילה בזריעה במועד הנכון (ספטמבר-נובמבר), שמירה על מרווחים (10 עד 15 ס”מ בין צמחים) והשקיה מתונה שלא מרטיבה את העלים.
כנימות מופיעות במקבצים על עלים צעירים וגורמים לעיוות ולהדבקת טל דבש. הטיפול האורגני היעיל ביותר הוא ריסוס בתמיסת סבון אשלגני (20 מ”ל לליטר מים) או שמן נים (5 מ”ל לליטר), אחת ל-5 עד 7 ימים. מומלץ גם למשוך מושיות על ידי שתילת כוסברה, שמיר או ציפורני חתול בסמוך. אם הנגע קשה, שטיפה חזקה של העלים בזרם מים יכולה להפחית את האוכלוסייה.
פרעושי אדמה (חיפושיות קטנות קופצות) יוצרים חורים עגולים בעלים. כדי להילחם בהם, כסו את האדמה סביב הצמחים בקומפוסט דק או ברשת צל 30% עד להנבטה. זבובי עלים חופרים מנהרות בעלים, גיזום העלים הנגועים והרחקתם מהערוגה עוצר את ההתפשטות. במקרים קשים, ריססו בתמצית שום (2 שיני כתושות בליטר מים) פעם בשבוע.
מחלות פטרייתיות כמו טחב פלומתי (Peronospora) מופיעות ככתמים צהובים-חומים בתחתית העלה. מניעה: השקיה בטפטוף ולא ממטרה, ואוורור טוב. ריקבון רך פוגע בשורש באדמה כבדה או רטובה, הימנעו מהשקיית יתר וקטפו את השורשים בזמן (כ-60 יום מזריעה). אין חומרים אורגניים יעילים נגד ריקבון פעיל; הסירו צמחים חולים מיד. לעולם אל תערבבו חומרי הדברה ללא קריאת התווית!
