סיבה נפוצה נוספת היא עודף חנקן בדשן. דשן עשיר בחנקן (למשל דשן דשא) מעודד צמיחת עלווה על חשבון השורש. אם דישנתם בקומפוסט עשיר או בדשן כימי עם חנקן גבוה, הפסיקו מיד ועברו לדשן מאוזן עם יחס NPK כמו 5-10-10 או דשן עשיר בזרחן ואשלגן. הוסיפו קמח עצמות או אשלגן טבעי (אפר עץ) לפני הזריעה כדי לעודד התפתחות שורש.
צפיפות שתילה פוגעת גם היא בהתפתחות השורש. צנון שחור זקוק למרווח של 10–15 ס"מ בין צמחים ו-30 ס"מ בין שורות. אם שתלתם צפוף מדי, השורשים מתחרים על מים וחומרי הזנה ונשארים דקים. דללו את השתילים כשהם בגובה 5 ס"מ, והשאירו את החזק ביותר כל 15 ס"מ. כמו כן, ודאו שהערוגה מקבלת שמש מלאה – לפחות 6 שעות ביום, שכן חוסר אור מחליש את הצמח ומעכב חנטה.
לבסוף, השקיה לא סדירה עלולה לגרום לשורשים להתפצל או להישאר קטנים. השקו באופן קבוע, 2–3 פעמים בשבוע בחורף, כך שהאדמה תישאר לחה אך לא רטובה. הימנעו מבצורת לסירוגין. אם הצמח כבר פורח, תוכלו לנסות לקטוף את הפרחים כדי לעודד התפתחות שורש, אך סיכויי ההצלחה נמוכים – עדיף לזרוע מחדש בעונה המתאימה.