בדיקת השורש היא המפתח: עודף מים גורם לשורש להראות רך, לעיתים עם סדקים אורכיים, וייתכן ריח חמצמץ של ריקבון. חוסר מים גורם לשורש להיות קשה, מעוצה, קטן מהצפוי ולעיתים עם קליפה מקומטת. שליפת צנון בודד תגלה את המצב, שורש רטוב מדי ירגיש ספוגי, שורש מיובש ירגיש יבש וקשיח.
כדי להציל צמח מושקה יתר: הפסיקו להשקות מיד, שפרו ניקוז על ידי הוספת חול גס או פרלייט מסביב לשורש, והעלו את הצמח על תלולית אדמה קלה. במקרה של ריקבון שורש מתחיל, גיזום שורשים פגומים והשתלה למצע חדש עשויים לעזור. להחייאת צמח מיובש: השקו בהדרגה במים פושרים, הוסיפו שכבה דקה של קומפוסט על פני האדמה, וכסו בצל זמני למניעת אידוי יתר.
בישראל, צנון שחור נזרע בסתיו ונקטף בחורף. השקיה מתונה, אחת ל-3 עד 4 ימים באדמה מנוקזת היטב, תמנע את שתי הקצוות. בדקו את לחות הקרקע בעומק 5 ס"מ לפני כל השקיה. זכרו: הצמח רגיש לריקבון שורש, ולכן עדיף להשקות פחות מאשר יותר.
