ארטישוק ירושלמי נחשב לצמח עמיד וקל לגידול, אך גם הוא עלול לסבול מפגיעת מזיקים ומחלות, בעיקר בתנאי לחות גבוהה או צפיפות. המזיקים הנפוצים בישראל הם כנימות, אקריות (קרדית) וזבובים לבנים, ולעיתים גם תריפסים. המחלות השכיחות כוללות ריקבון רך של הפקעות (הנגרם על ידי חיידקים) וכתמי עלווה פטרייתיים כמו טחב אבקתי ועובש אפור. חשוב לאבחן מוקדם ולטפל מיד.
כנימות מופיעות באביב ובתחילת הקיץ על עלים צעירים וגבעולים רכים, וגורמות לעיוות עלים ולהפרשת טל דבש שמושך נמלים. הפתרון האורגני היעיל הוא ריסוס בתערובת של סבון רך (סבון כלים טבעי) ומים, כפית סבון לליטר מים, כל 3 עד 4 ימים, עד להעלמותן. אפשר גם לרסס בחליטת שום או בשמן נים מדולל לפי הוראות היצרן. חשוב להרחיק נמלים בעזרת חגורות דבק על הגבעולים.
אקריות (קרדית) פוגעות בעלים בתקופות יובש וחום, וגורמות להצהבה, נשירה וקורים דקים. הטיפול המומלץ הוא הגברת הלחות סביב הצמח על ידי ערפלול במים (ללא הרטבת העלים בלילה) וריסוס בגופרית רטובה לפי הוראות היצרן. אם ההדבקה קשה, גזמו עלים נגועים והרחיקו מהגינה. מניעה כוללת שמירה על מרווחי שתילה של 40 עד 50 ס"מ לאוורור טוב.
ריקבון פקעות נגרם מהשקיית יתר או ניקוז לקוי, בעיקר בסתיו לפני הקטיף. סימני האזהרה הם עלים מצהיבים ורכים, וריח רע מהאדמה. כדי למנוע זאת, השקו במידה (בערך 2 עד 3 ס"מ מים בשבוע, תלוי בעונה) וודאו ניקוז טוב. אם כבר הופיע ריקבון, הפסיקו להשקות מיד, חפרו פקעות בריאות בלבד, והשליכו את הרקובות הרחק מהגינה. למחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי, טפלו בתמיסת סודה לשתייה (כפית לליטר מים) או בחלב דל שומן (1:9 עם מים) פעם בשבוע.
