בקיץ הישראלי החם, המלפפון זקוק להשקיה תכופה ונמרצת. השקה כל יום-יומיים, ובשיא החום (יולי-אוגוסט) אפילו פעמיים ביום, בוקר וערב. כמות המים: כחמישה ליטרים לצמח בוגר בכל השקיה, תלוי במצע. באדמה כבדה (חרסיתית) יש להפחית את התדירות, באדמה קלה (חולית) להגדיל. המטרה: לשמור על לחות קבועה אך לא רטובה.
בסתיו ובאביב (לפני גלי החום הכבדים) השקה כל יומיים-שלושה, כשהכמות יורדת לכשלושה ליטרים לצמח. בחורף, אם המלפפון גדל בעונה זו (באזורים חמים או בחממה), השקה פעם בארבעה-שישה ימים, תלוי בגשמים. לעולם אל תניח למים לעמוד, המלפפון רגיש לריקבון שורשים.
סימנים של חוסר מים: עלים נבולים בשעות החמות, פירות קטנים ומרירים (בגלל סטרס), צמיחה איטית. סימנים של עודף מים: עלים מצהיבים, כתמים רטובים על הגבעול, ריח רע מהמצע, ולעיתים הופעת פטריות כמו טחב פלומתי.
לבדיקת רטיבות המצע, הכנס אצבע לעומק של 3 עד 5 ס"מ. אם האדמה יבשה, השקה מיד; אם לחה, המתן יום נוסף. השקה תמיד בבסיס הצמח, הימנע מהרטבת העלים (מזמין מחלות). בימים חמים במיוחד, חיפוי הקרקע בקש או קומפוסט יעזור לשמור על הלחות ולהפחית את תדירות ההשקיה.
