מלפפון הוא ירק קיצי רגיש, במיוחד בתנאי לחות גבוהה והשקיה מרובה בישראל. המזיקים הנפוצים ביותר הם הכנימות (בעיקר כנימת הכותנה והכנימה השחורה) והאקריות (קרדית העכביש האדומה). הכנימות מופיעות כמושבות דביקות על עלים צעירים וגבעולים, וגורמות לעיוותים ולהפרשת טל דבש שמעודד התפתחות פטריות. האקריות נראות כנקודות זעירות אדמדמות בצד התחתון של העלים, וגורמות להצהבה ונשירה. לזיהוי מוקדם, בדקו את צדם התחתון של העלים כל שבועיים מרגע השתילה.
המחלות השכיחות במלפפון כוללות טחב אבקתי (מחלה פטרייתית לבנה-אפרורית על פני העלה), טחב פלומתי (כתמים צהובים-חומים עם נגעים סגלגלים בצד התחתון), וריקבון רך של הפרי (הנגרם על ידי חיידקים או פטריות בתנאי רטיבות). טחב אבקתי מופיע באביב ובסתיו, בעיקר כשהלחות גבוהה והטמפרטורות מתונות. טחב פלומתי מתפרץ בגשמים או בהשקיית יתר. ריקבון הפרי מתרחש כשהפרי נוגע באדמה לחה או נפגע ממזיקים. מניעה מתחילה בהשקיה בטפטוף (לא ממטרה), אוורור בין הצמחים, והרחקת עלים תחתונים מהקרקע.
לטיפול אורגני בכנימות, רססו תמיסת סבון רך (כף סבון כלים נוזלי בליטר מים) כל 3 עד 5 ימים למשך שבועיים. נגד אקריות, שטפו את העלים בזרם מים חזק או רססו שמן נים (5 מ"ל לליטר מים) בשעות הערב. לטחב אבקתי, השתמשו בתמיסת סודה לשתייה (כפית סודה לשתייה + כפית סבון בליטר מים) כל שבוע. לריקבון פרי, הפסיקו להשקות 3 ימים לפני הקטיף, וודאו שהפרי לא נוגע באדמה (השתמשו בקש או רשת). חשוב לקרוא תמיד את הוראות התווית של כל תכשיר, ולהימנע מריסוס בשעות החום הכבד.
מניעה היא המפתח: שתלו זנים עמידים (כמו 'בית אלפא' או 'חממה'), שמרו על מרווח של 50 ס"מ בין צמחים לאוורור, והשקו בבוקר כדי שהעלים יספיקו להתייבש. גידול צמחים מושכי טורפים טבעיים (כמו שמיר, כוסברה או חמנית) לצד המלפפונים יעודד הגעה של כנימתית, זבובי רחף וצרעות טפיליות. הימנעו מדישון חנקני מוגזם שמעודד כנימות. במידה והתפרצות קשה, שלבו תכשירים אורגניים כמו ביו-נימקס או תמצית שום. זכרו: טיפול מוקדם ומניעה חוסכים הרבה כאב ראש.
