צמחי הלוואי המומלצים ביותר למלפפון הם תירס, שעועית מטפסת, שמיר, חסה, צנונית, סלק ובצל. התירס מספק צל קיץ קל, השעועית מעשירה את הקרקע בחנקן, והשמיר מושך חרקים טורפים מועילים. כדאי לשתול צנונית בין המלפפונים – היא מרחיקה זבובונים מזיקים. בגינה הישראלית, שתילת בזיליקום או טגטס (ציפורני חתול) לצד המלפפון מסייעת בהרחקת כנימות וזבובים.
לעומת זאת, התרחק משתילת מלפפון ליד תפוחי אדמה, קישואים, דלעת או מלונים – הם מתחרים על משאבים ומושכים מזיקים דומים. גם שתילה ליד מרווה, שומר או נענע עלולה לעכב את צמיחת המלפפון. בגינה קטנה, הימנע גם משתילה ליד חמניות, שכן הן עלולות להצל עליו יותר מדי ולמשוך מזיקים.
שילוב נכון של צמחי לוואי לא רק משפר את התפוקה, אלא גם חוסך בשימוש בחומרי הדברה. למשל, שתילת כוסברה או פטרוזיליה בקרבת המלפפון מושכת חרקים מאביקים, שחיוניים להאבקת הפרחים. זכור: מלפפון הוא צמח קיצי שאוהב שמש מלאה, מים קבועים (2–3 ס"מ מים בשבוע, תלוי בעונה) ואדמה מנוקזת. הקפד על מחזור זרעים – אל תשתול מלפפון באותה ערוגה שנתיים ברציפות.