גזר סגול, כמו כל זני הגזר, רגיש מאוד להשקיה לא סדירה. השקיית יתר או בצורת עלולים לגרום לשורשים להתפצל, להיסדק או לקבל טעם מר. הכלל הבסיסי: שמרו על האדמה לחה באופן אחיד, אך לא רטובה. בישראל, עונת הגידול האידיאלית היא החורף (אוקטובר עד מרץ), אך ניתן לגדל גם באביב ובסתיו. בקיץ הישראלי החם, הגזר נוטה להזיע ולפתח טעם חריף, ולכן מומלץ להימנע מזריעה בקיץ.
בחורף (טמפרטורות 10 עד 20 מעלות): השקו פעם ב-4 עד 6 ימים, תלוי בסוג הקרקע. בקרקע חולית, כל 3 עד 4 ימים, בקרקע כבדה (חרסית), כל 5 עד 7 ימים. הכמות: כ-15 עד 20 ליטר למ"ר בכל השקיה, כך שהמים יחדרו לעומק 20 עד 30 ס"מ (אורך השורש). בדקו רטיבות על ידי החדרת אצבע לעומק 5 ס"מ, אם האדמה יבשה, השקו. בחורף גשום, הפחיתו או דלגו על השקיה לאחר גשם משמעותי.
באביב ובסתיו (טמפרטורות 20 עד 30 מעלות): השקו בתדירות גבוהה יותר, כל 2 עד 4 ימים, תוך שמירה על לחות קבועה. הכמות דומה (15 עד 20 ליטר למ"ר), אך יש לקצר את המרווחים כי ההתאדות מוגברת. בימים חמים במיוחד (מעל 30 מעלות) ייתכן שתידרש השקיה כל יומיים. הוסיפו שכבת חיפוי (קש, קומפוסט) סביב הצמחים כדי להאט את איבוד הלחות ולקרר את הקרקע.
סימני חוסר מים: עלים נבולים בשעות הצהריים, צמיחה איטית, שורשים דקים וקשים. סימני עודף מים: עלים מצהיבים, ריקבון שורשים (ריח רע מהאדמה), הופעת פטריות על פני הקרקע. כדי להימנע מכך, וודאו שלערוגה ניקוז טוב, גזר סגול לא סובל שלוליות. השקיה בטפטוף היא השיטה המומלצת: היא שומרת על לחות אחידה ומונעת הרטבת העלים (שעלולה לגרום למחלות).
