בצל לבן (Allium cepa) רגיש למספר מזיקים ומחלות, במיוחד בתנאי לחות או גידול צפוף. המפתח להצלחה הוא מניעה: שתילה באדמה מנוקזת היטב, מרווחים של 10 עד 15 ס"מ בין בצל לבצל, והשקיה מתונה (פעם ב-5 עד 7 ימים בחורף, פעם ב-3 עד 4 ימים באביב). בגידול בסתיו (אוקטובר-נובמבר) חשוב במיוחד להימנע מהרטבת העלים בערב, כדי למנוע התפתחות פטריות.
המזיקים הנפוצים ביותר הם כנימות (Aphids) ותריפס (Thrips). כנימות מופיעות כיצורים ירוקים קטנים על עלים צעירים, וגורמות לעיוותים והצהבה. תריפס הוא חרק זעיר (1 עד 2 מ"מ) שמותיר כתמים כסופים על העלים. טיפול אורגני: ריסוס בתערובת של מים וסבון רך (5 מ"ל סבון נוזלי לליטר מים) כל 3 עד 4 ימים, או שימוש בשמן נים (Neem oil) בריכוז 2 מ"ל לליטר. אפשר גם להכניס טורפים טבעיים כמו כנימתית (Aphidius colemani) או זחלי רשתית (Chrysoperla carnea).
מחלות פטרייתיות כמו טחב פלומתי (Peronospora destructor) וריקבון צוואר (Botrytis allii) מתפתחות בתנאי לחות גבוהה. טחב פלומתי מתבטא בכתמים צהובים על העלים עם נבגים אפורים בצד התחתון. ריקבון צוואר מופיע ככתמים חומים מימיים בבסיס הנורה, ומתפשט גם באחסון. מניעה: השקיה בטפטוף ולא ממטרה, מרווחי שתילה גדולים, וסילוק עלים נגועים מיד. טיפול אורגני: ריסוס בתמיסת נחושת (בורדו) בריכוז 1% (10 גרם לליטר) כל 7 עד 10 ימים, או שימוש בתכשירי סולפט נחושת. חשוב לקרוא הוראות תווית.
ריקבון חיידקי (Erwinia carotovora) גורם להרקמה רכה ומסריחה. הוא מופיע בעיקר בנורות פגועות או במצע כבד. מניעה: הימנעו מפגיעה מכנית בבצלים בזמן קטיף, ואחסנו במקום יבש ומאוורר (18 עד 20 מעלות). אם מופיע ריקבון, הסירו את הצמח הנגוע כולו ואל תשתלו בצל באותו מקום לפחות 3 שנים. לקטיף באביב (אפריל-מאי), הפסיקו השקיה שבועיים לפני הקטיף כדי לאפשר לבצל להתייבש.
