גיזום חציל מתבצע בשני מועדים עיקריים בישראל: גיזום ראשוני בתחילת האביב (מרץ-אפריל) לאחר שתילת השתילים, וגיזום תחזוקה שוטף לאורך עונת הגידול (מאי עד אוקטובר). הגיזום הראשוני נועד לעודד צמיחה מסועפת ויציבה, ולכן כשהשתיל מגיע לגובה 30-40 ס"מ, גזום את קצה הגבעול הראשי ממש מעל צומת עלים. פעולה זו תעודד התפתחות של 3-4 ענפים צדדיים חזקים.
במהלך העונה, התמקד בגיזום ענפים חלשים, פגועים או חולים, וכן בעלים תחתונים שנוגעים באדמה – אלה עלולים להעביר מחלות ופטריות. גזום ענפים צדדיים הגדלים פנימה אל תוך נוף הצמח, כדי לשפר אוורור וחדירת אור. כמו כן, הסר פרחים ראשונים אם הצמח עדיין צעיר (מתחת ל-50 ס"מ), כדי לאפשר לצמח להתחזק לפני נשיאת פרי.
בסוף הקיץ (ספטמבר-אוקטובר), ניתן לבצע גיזום התחדשות: קצץ את כל הענפים לגובה 30-40 ס"מ מעל הקרקע, תוך השארת 3-4 ענפים עיקריים. גיזום זה יאריך את העונה וייתן יבול נוסף בסתיו. השקה היטב לאחר הגיזום ודשן בדשן מאוזן 10-10-10 לפי הוראות היצרן.
השתמש במזמרה נקייה וחדה, וחיטא אותה באלכוהול 70% בין צמח לצמח למניעת העברת מחלות. לעולם אל תחתוך את הגבעול הראשי מתחת לצומת הראשון – זה עלול להרוג את הצמח. כמו כן, הימנע מגיזום בימים גשומים או לחים מאוד, כדי למנוע כניסת פטריות. גיזום חציל אינו חובה, אבל מומלץ מאוד להשגת יבול איכותי וגדול יותר.
