שמיר הוא צמח חד־שנתי שגדל במהירות, וכבר כחודש וחצי עד חודשיים מהזריעה (תלוי בעונה) תוכלו להתחיל לקטוף. סימן ההבשלה הראשון הוא גובה הצמח – ברגע שהוא מגיע לגובה 20–30 ס"מ ויש לו לפחות 5–6 עלים מנוצים, אפשר להתחיל. העלים צריכים להיות ירוקים עזים, רעננים, ללא סימני הצהבה או נבילה. הקטיף כדאי לבצע בשעות הבוקר המוקדמות, לאחר שהטל התייבש, כי אז תכולת השמנים האתריים בעלים היא הגבוהה ביותר והארומה חזקה.
בישראל, העונה העיקרית לגידול שמיר היא מהסתיו ועד האביב (אוקטובר–מאי). בקיץ, השמיר נוטה להזדרז לפרוח ולהצהיב, ולכן מומלץ לקטוף אותו מוקדם יותר – כבר בגובה 15–20 ס"מ. כדי לעודד צמיחה מחודשת, אל תקטוף את כל הצמח בבת אחת. התחל בקטיף העלים החיצוניים והתחתונים, סנטימטר מעל בסיס הגבעול, והשאר את העלים הפנימיים הצעירים להמשיך ולגדול. כך תוכל לקטוף במשך 4–6 שבועות רצופים.
טכניקת הקטיף: אחז בעדינות בעלה בודד או בצרור עלים, ומשוך כלפי מטה תוך סיבוב קל – הם יינתקו בקלות. אפשר גם להשתמש במספרי גיזום חדות ונקיות, ולחתוך את הגבעול סנטימטר מעל פני האדמה. הימנע מקטיפה של הגבעול הראשי, כי פגיעה בו עלולה לעצור את הצמיחה. אם אתה רוצה להאריך את חיי הצמח, הקפד לקטוף בתדירות של פעם בשבוע, ולא לקטוף יותר משליש מהצמח בכל פעם.
לאחר הקטיף, טבלו מיד את בסיס הגבעולים במים קרים (כמו זר פרחים) – השמיר ישמור על רעננותו במקרר עד שבוע. גזזו מעט את קצה הגבעול והחליפו מים כל יומיים. לאחסון ארוך יותר, עטפו את השמיר במגבת נייר לחה והניחו בשקית אטומה במקרר. אפשר גם לייבש או להקפיא: ייבוש באוויר במקום מוצל ומוגן רוח, או הקפאה בקוביות קרח עם מעט מים. שמיר קפוא שומר על טעמו כחצי שנה.

