כרוב ניצנים הוא גידול חורפי שדורש קור, אך דווקא בעונה הקרירה פורחים מזיקים כמו כנימות העליות (Brevicoryne brassicae) והכנימה הירוקה (Myzus persicae). הכנימות מתרכזות בצד התחתון של העלים ובניצנים הקטנים, וגורמות לעיוותים ולהפרשת דבש שמזמין פטריית יין. שימו לב גם לאקריות (Tetranychus urticae) המופיעות בתנאי יובש, הן יוצרות קורים דקים וכתמים צהובים על העלים.
מחלות פטרייתיות נפוצות כוללות ריקבון רך (Erwinia carotovora) המופיע בעיקר בתנאי רטיבות גבוהה ומתבטא בריקבון מימי וריח רע, וגם טחב פלומתי (Peronospora parasitica) המתבטא בכתמים צהובים-חומים בצד העליון של העלה ועובש אפור בצד התחתון. מחלת 'שורש מועדון' (Plasmodiophora brassicae) נפוצה בקרקעות חומציות ולחות, וגורמת לעיוותי שורשים ולעצירת גדילה.
לטיפול אורגני בכנימות ובאקריות, רססו תערובת של סבון אשלגן (20 מ״ל לליטר מים) או שמן נים (5 מ״ל לליטר) אחת ל-5 עד 7 ימים, תוך ריסוס אינטנסיבי על צדי העלים התחתונים. לריקבון רך, הסירו מיד צמחים נגועים, הימנעו מהשקיית יתר והקפידו על מרווחי שתילה של 50 ס״מ לפחות. לטחב פלומתי, שפרו אוורור, השקו בבוקר (ולא בערב) ורססו תמיסת נחושת (לפי הוראות היצרן) או תכשיר על בסיס Bacillus subtilis.
מניעה היא המפתח: שתלו זנים עמידים, סובבו גידולים (אל תשתו כרוביים באותה אדמה לפחות 4 שנים), שמרו על pH אדמה 6.5 עד 7.5, והשקו בטפטוף כדי להרטיב שורשים בלבד. הוסיפו קומפוסט עשיר לשיפור ניקוז, וכסו את האדמה סביב הצמחים בקש כדי למנוע התזת נבגי פטריות מהקרקע. גידול לצד צמחים דוחי מזיקים כמו נענע, קורנית או ציפורני חתול יכול להפחית נגיעות.
