עץ האפרסק, על פירותיו השעירים והמתוקים, רגיש למספר מזיקים ומחלות האופייניים לאקלים הישראלי. ההתמודדות הטובה ביותר מתחילה במניעה: גיזום נכון בחורף (לאחר נשירת העלים) לאוורור טוב של הנוף, ניקוי עלים ופירות שנשרו מהקרקע, והשקיה מותאמת, השקיית יתר עלולה לעודד ריקבון שורשים ופטריות. שימו לב במיוחד בתקופת האביב והקיץ, כשהעץ פעיל והטמפרטורות עולות.
המזיקים הנפוצים ביותר באפרסק הם כנימות (בעיקר כנימה ירוקה וכנימה אפורה), אקריות (קרדית אדומה וקרדית חלודה) וזבוב הפירות הים-תיכוני. כנימות תוקפות עלים צעירים ונצרים, גורמות לעיוותים ולהדבקה במחלות פטרייתיות כמו "פייחת" (שחור על העלים). אקריות מופיעות בקיץ יבש, גורמות לעלים להצהיב ולנשור. זבוב הפירות מטיל ביצים בתוך הפרי המבשיל, וגורם לריקבון פנימי. לזיהוי מוקדם: תלו מלכודות דבק צהובות (נגד כנימות וזבובים) ומלכודות פרומון לזבוב הפירות; הסתכלו על צדו התחתון של העלה עם זכוכית מגדלת.
המחלות השכיחות באפרסק כוללות: טחב אבקתי (מופיע כציפוי לבן על עלים ופירות), חור בעלים (מחלת קוריול, הגורמת לכתמים סגולים-חומים ולנשירת עלים) וריקבון חום של הפרי (הנגרם מפטרייה, בעיקר בתנאי לחות). לטחב אבקתי ולחור בעלים: ריססו בתמיסת גופרית רטובה (על פי הוראות היצרן) או בתכשיר על בסיס שמן נים, יש לרסס מיד עם הופעת הסימנים, לפני התפשטות. לריקבון חום: הסירו מיד פירות נגועים, גזמו ענפים מתים, ובתקופת הפריחה והבשלת הפרי רססו בתכשיר נחושת (על פי הוראות היצרן). חשוב: לעולם אל תרססו בזמן שהפרי מבשיל אם אתם משתמשים בחומרים כימיים, העדיפו תכשירים אורגניים ובטוחים.
לטיפול אורגני ומניעה: שמרו על חוזק העץ על ידי דישון מאוזן (חנקן, זרחן ואשלגן, עם דגש על אשלגן לחיזוק), השקיה סדירה (עץ בוגר, כ-40 עד 60 ליטר לשבוע בקיץ, תלוי בקרקע) וחיפוי הקרקע בקומפוסט או קש לשמירת לחות ומניעת התזת נבגי פטריות מהאדמה. מומלץ לשתול לצד האפרסק צמחים דוחי מזיקים כמו ציפורני חתול (קטיפה) ובזיליקום. אם אתם מגדלים אפרסק בעציץ, הקפידו על ניקוז טוב והימנעו מצפיפות. זכרו: ריסוס בגופרית או נחושת עלול להזיק לאבקנים ולחרקים מועילים, יש לרסס רק בשעות הערב המאוחרות או הבוקר המוקדם, ולהימנע בזמן פריחה מלאה. רעילות: עלי אפרסק וגלעינים מכילים ציאניד, רעילים לחתולים, כלבים וילדים בבליעה. הפרי עצמו בטוח.
