מחלות פטרייתיות נפוצות בבננה כוללות ריקבון שורש (Fusarium oxysporum f. sp. cubense) וכתם עלה (Mycosphaerella musicola). ריקבון השורש מתבטא בהצהבה ונבילה של עלים תחתונים, ובהמשך ריקבון הגזע. מחלה זו קשה לטיפול ולכן מניעה היא המפתח: הימנעו מהשקיית יתר, ודאו ניקוז מצוין, והשתמשו באדמה סטרילית בעת שתילה. כתם העלה מופיע ככתמים חומים-אפורים על העלים, המתפשטים במהירות בלחות גבוהה. הטיפול האורגני כולל הסרת עלים נגועים מיד עם הופעת הסימנים, שיפור האוורור סביב הצמח, וריסוס בתמיסת נחושת (3 גרם לליטר מים) או בתכשיר מבוסס Bacillus subtilis, לפי הוראות היצרן.
מזיק נוסף הוא תריפס (Thrips spp.), הגורם לפסים כסופים על העלים ולעיוות של הפירות. התריפס פעיל בעיקר באביב ובקיץ. הטיפול האורגני כולל ניקוי העשבים סביב הצמח (שם התריפס מסתתר), ריסוס בחליטת שום (5 שיני שום כתושות בליטר מים למשך לילה) או בשמן נים. גם חיפושית הבננה (Cosmopolites sordidus) עלולה לתקוף את הגזע התחתון, אך היא נדירה בגינה הביתית. מניעה: שתילת שתילים בריאים ממקור מוסמך, והימנעות מפציעות בגזע.
חשוב לזכור: הבננה רגישה לקור מתחת ל-10 מעלות, מה שמחליש אותה ומגביר את רגישותה למחלות. בחורף, הגנו על הצמח בעזרת יריעת בד או העברתו למקום מוגן. כמו כן, הצמח רעיל לכלבים וחתולים (עלול לגרום להקאות ושלשולים), ולכן יש להרחיק חיות מחמד מהעלים ומהגזע. אם המזיקים או המחלות ממשיכים להתפשט למרות הטיפולים האורגניים, יש להתייעץ עם אגרונום מוסמך.
