הצהבת עלים בעגבנייה היא סימן אזהרה שמשהו אינו כשורה. הסיבה השכיחה ביותר היא השקיה לא מאוזנת, גם עודף מים וגם חוסר מים פוגעים בשורשים וגורמים לעלים התחתונים להצהיב. באביב ובקיץ הישראלי, השקה פעם ביומיים-שלושה, תלוי בעומק הקרקע, וודא שהאדמה לחה אך לא רטובה. ניקוז טוב הוא קריטי, אם האדמה כבדה, הוסף קומפוסט או חול.
סיבה נוספת היא חוסר בחנקן, אז העלים התחתונים מצהיבים באופן אחיד, והצמח נראה חיוור. דשן אורגני עשיר בחנקן, כמו קומפוסט או זבל פרות מבושל, יעזור. פזר מסביב לגזע והשקה. היזהרו מחריפת יתר, חנקן עודף יגרום לעלים ירוקים כהים אך פחות פרחים ופירות.
מחסור בברזל או מגנזיום גם הוא נפוץ, הברזל חסר בעלים צעירים שמצהיבים בין העורקים, והמגנזיום בעלים ישנים. ריסוס עלים בתמיסת ברזל קלאטית או מגנזיום גופרתי (1 כף ל-4 ליטר מים) פעם בשבועיים פותר את הבעיה. עדיף לרסס בשעות הבוקר המוקדמות או אחר הצהריים.
לבסוף, מחלות פטרייתיות כמו נבול פוסריום או כתם עלים ספטוריה גורמות להצהבה מלווה בכתמים חומים. הקפד על מחזור זרעים (לא לשתול עגבניות באותו מקום שנתיים ברצף), גיזום אוורירי, והשקיה בשורש ולא על העלים. במקרה של מחלה, הסר עלים נגועים ושקול ריסוס בתכשיר נחושת על פי הוראות היצרן.
