הכרובית, כמו שאר בני משפחת המצליבים, רגישה למספר מזיקים ומחלות נפוצות. המזיקים השכיחים ביותר בישראל הם כנימת הכרוב (Brevicoryne brassicae) והכנימה הירוקה (Myzus persicae), המופיעות בעיקר בחורף ובאביב. הן יונקות מוהל מהעלים וגורמות לעיוותים ולהפרשת דבש, שעליו מתפתחת פטריית פייחת. בנוסף, אקרית הכשות (Tetranychus urticae) תוקפת בתקופות יבשות וחמות, וגורמת לנקודות צהובות על העלים ולקורים דקים.
מחלות פטרייתיות נפוצות כוללות ריקבון רך (Erwinia carotovora) המתבטא בריח רע וריקבון מימי של הראש, במיוחד לאחר גשמים או השקיית יתר. טחב פלומתי (Peronospora parasitica) מופיע ככתמים צהובים בצד העליון של העלה ועובש אפור בצד התחתון, בעיקר בלחות גבוהה. מחלת הריזוקטוניה (Rhizoctonia solani) גורמת לפגיעה בשורשים ובגבעול, ולנבילה פתאומית.
לטיפול אורגני בכנימות, רססו תערובת של מים וסבון נוזלי (5 מ"ל סבון לליטר מים) כל 3 עד 4 ימים, או השתמשו בשמן נים (5 מ"ל לליטר) פעם בשבוע. לאקריות, הגבירו לחות סביב הצמח על ידי ערפול והשקיה, ורססו בתמיסת שום (3 שיני שום מעוכות בליטר מים, מסננים ומרססים). למניעת מחלות פטרייתיות, הקפידו על מרווחים של 40 עד 50 ס"מ בין צמחים, הימנעו מהשקיית יתר, והסירו עלים תחתונים חולים. טבלו את הראש בתמיסת חומץ (1:10) לפני אחסון להארכת חיי המדף.
מניעה היא המפתח: שתלו זנים עמידים (למשל 'אמפורה' ו'ויאלטה די סיציליה'), ערכו מחזור זרעים של 3 עד 4 שנים, שלבו צמחים דוחי מזיקים כמו נענע, שמיר או ציפורני חתול, וכסו את האדמה בקומפוסט אורגני לחיזוק הצמח. בדקו את העלים מדי שבוע לאיתור מוקדם של נגיעות. היזהרו: הכרובית אינה רעילה לחיות מחמד, אך חלקי הצמח עלולים לגרום לקלקול קיבה אם נאכלים בכמות גדולה.
