השזיף (Prunus domestica) רגיש למספר מזיקים נפוצים. הכנימות, בעיקר הכנימה השחורה והכנימה הירוקה, מופיעות באביב על עלים צעירים וניצנים, הן מפרישות טל דבש שמעודד התפתחות פטריית לוויין. גם אקריות (קרדית) עלולות לתקוף בקיץ יבש ולגרום לעלים מנומרים ולנשירה מוקדמת. זבוב הפירות הים-תיכוני מטיל ביצים בפירות מבשילים, והרימות גורמות לריקבון פנימי. מניעה: גיזום אוורירי בחורף, הרחקת עשבים, ושטיפת העץ בזרם מים חזק בתחילת האביב להפחתת אוכלוסיות כנימות.
המחלות הפטרייתיות העיקריות בשזיף הן טחב אבקתי (Powdery mildew), המופיע כציפוי לבן על עלים ופירות, בעיקר באביב קריר ולח; וריקבון חום (Brown rot), הגורם להבקעת פירות ולעובש אפרפר, במיוחד אחרי גשמי אביב. גם חורי עלה (Shot hole), פטרייה שיוצרת כתמים חומים הנושרים ויוצרים חורים, נפוצה. מניעה: ניקוי עלים ופירות שנשרו, גיזום להארת הצמרת, והימנעות מהשקיית יתר. ריסוס בגופרית רטובה או בתכשיר נחושת בסתיו ובסוף החורף (בהתאם לתווית) מסייע לדיכוי נבגים.
לטיפול אורגני בכנימות ובאקריות יש לרסס תמיסת סבון אשלגן (סבון רך) בשיעור 1%-2% (10 עד 20 מ"ל לליטר מים), אחת ל-5 עד 7 ימים. נגד זבוב הפירות ניתן לתלות מלכודות צהובות דביקות או מלכודות פרומון, ולכסות את הגזע בלבד דביק (טבעת דבק) למניעת עליית נמלים המטפחות כנימות. נגד טחב אבקתי וריקבון חום יעיל ריסוס בתמיסת סודה לשתייה (1 כפית לליטר מים + 2 עד 3 טיפות סבון כלים) או בגופרית רטובה אורגנית, הקפד לרסס בשעות הבוקר המוקדמות או הערב כדי למנוע צריבת עלים.
חשוב לזכור: גם טיפול אורגני דורש הקפדה על הוראות התווית של המוצר. יש לרסס בצורה אחידה על כל חלקי העץ, במיוחד בצד התחתון של העלים. במקרה של התקפה קשה, ניתן לשלב טיפול אורגני עם הסרה ידנית של פירות נגועים ועלים חולים. גיזום נכון (הסרת ענפים חולים, יבשים ומצטלבים) בחורף משפר את האוורור ומקטין משמעותית את הסיכוי למחלות. כמו כן, חיזוק העץ בדישון מאוזן באביב (דשן אורגני עשיר באשלגן) מגביר עמידות טבעית.
