סיבה שנייה היא בעיות האבקה. רוב זני הזית מאביקים עצמית, אבל חלקם (כמו 'ברנע' ו'מנזנילו') זקוקים לזן מאביק אחר. אם אין מאביק מתאים במרחק של עד 50 מטר, הפרחים לא יופרו וינשרו. גם רוחות חזקות או גשמים בזמן הפריחה (אפריל-מאי) מפריעים להאבקה. מה עושים? נוטעים זן מאביק אחד על כל 8-10 עצים, או משתילים ענפים ממאביק לעץ הקיים.
עודף או חוסר דישון הם גורם נוסף. דישון חנקני מוגזם באביב מעודד צמיחה וגטטיבית על חשבון הפריחה, ומביא לנשירת פרחים. לעומת זאת, מחסור באשלגן ובבורון (מיקרו-אלמנטים) פוגע בחנטה ובהתפתחות הפרי. באדמות ישראל (גיריות וחוליות) הבורון לעיתים נמוך. מומלץ לרסס בורון נוזלי בריכוז 0.1% בפריחה מלאה, ולהוסיף אשלגן בסתיו (200-300 גרם לעץ, תלוי בגיל).
תנודות טמפרטורה קיצוניות – כפור לילה באביב (נדיר בישראל) או חום כבד (מעל 38°C) – גורמות לסטרס ולנשירה. גם רוחות חמות (חמסין) מייבשות את הפרחים. בנוסף, מזיקים כמו עש הזית (Prays oleae) תוקפים את הפרחים והפרי הצעיר. הטיפול האורגני כולל ריסוס בתמצית נים או שמן פרפין בתחילת האביב, ומלכודות פרומונים לניטור. זכור: תמיד קרא את התווית לפני השימוש.