האגס הוא עץ נשיר עמיד יחסית, אך בישראל הוא מותקף על ידי מספר מזיקים ומחלות שכדאי להכיר. המזיקים הנפוצים ביותר הם כנימות (בעיקר כנימת האגס, Dysaphis pyri) ואקריות (קרדית האגס, Eriophyes pyri). הכנימות מופיעות באביב על עלים צעירים וניצנים, גורמות לעיוותים ולהפרשת טל דבש שעליו מתפתחת פטריית פייחת. האקריות גורמות להתנפחויות אדמדמות על העלים (גלים). טיפול אורגני: ריסוס בתערובת סבון רך (20 מ"ל סבון נוזלי טבעי לליטר מים) או שמן נים (5 מ"ל לליטר) כל 7 עד 10 ימים בתחילת העונה. חשוב לרסס גם מתחת לעלים.
מחלת ריקבון הפרי (Monilinia spp.) פוגעת באגסים בעיקר בקיץ לח. הפרי מפתח כתמים חומים ומתכסה בנבגים אפרפרים. המניעה הטובה ביותר היא גיזום אוורור והרחקת פירות נגועים מהעץ ומהקרקע. ריסוס מונע בתערובת גופרית רטובה (3 גרם לליטר) או נחושת (בורדו 1%) לפני הפריחה ואחרי קטיף יכול לסייע. עלים מצהיבים וכתמים שחורים מעידים על גלד האגס (Venturia pirina), פטרייה שמתפתחת באביב גשום. ריסוס בתמיסת סודה לשתייה (5 גרם לליטר) עם שמן גננים (2 מ"ל לליטר) כל שבועיים מרגע נשירת עלי הכותרת.
מזיק נוסף הוא עש התפוח (Cydia pomonella), זחל חודר לפרי וגורם לריקבון פנימי. הטיפול האורגני כולל תליית מלכודות פרומונים (3 עד 5 לדונם) לניטור, וריסוס בבצילוס תורינגיינסיס (B.t.), 1 גרם לליטר, כשבועיים לאחר הפריחה, חוזר על הריסוס כעבור 10 ימים. גם זבוב הפירות (Ceratitis capitata) תוקף אגסים; תלו מלכודות צהובות דביקות (10 לדונם) ומרססים בתמצית שום (3 מ"ל לליטר) או שמן נים כל 10 ימים בעונת ההבשלה.
מניעה כוללת: שמירה על ניקיון הגינה, איסוף פירות נגועים ועלים שלכת, גיזום ענפים יבשים וצפופים בחורף, והשקיה בטפטוף להימנע מהרטבת העלווה. דישון מאוזן (דשן אורגני מאוזן כמו 5 עד 5-5 באביב ובסתיו) מחזק את העץ. זכרו: אין לרסס בשעות החום הכבד, ורצוי לבדוק תמיד תווית מוצר לפני שימוש. אם המזיקים חוזרים שנה אחר שנה, שקלו להכניס טורפים טבעיים כמו פרת משה רבנו או צרעות טפיליות.
