קישוא צהוב זקוק להשקיה סדירה ועקבית לאורך כל עונת הגידול. באביב, מיד לאחר הזריעה, השקה בעדינות כל 2 עד 3 ימים כדי לשמור על לחות קרקעית קבועה ולהבטיח נביטה טובה. ככל שהצמח גדל, הגבר את התדירות: בקיץ הישראלי החם (יוני עד אוגוסט) השקה כל יום או יומיים, בכמות של 2 עד 3 ליטרים לצמח בוגר. בחורף (נובמבר עד פברואר) די בהשקיה אחת ל־4 עד 5 ימים, כ־1 עד 2 ליטרים, תלוי בגשמים.
השקה תמיד בבסיס הצמח, הימנע מהרטבת העלים כדי למנוע התפתחות מחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי. השעה המומלצת היא בוקר מוקדם, כך שהעלווה מספיקה להתייבש לפני החום הכבד. בערב, המים עלולים לקפח ולגרום לריקבון. אם השקית בממטרה, העדף טפטפות או צינור גמיש המכוון לשורשים.
סימני חוסר מים: עלים נובלים בשעות הצהריים, צבעם הופך אפרפר־ירוק כהה, והפרי מתפתח קטן ומעוות. עודף מים מתבטא בעלים צהובים, צניחה רפויה של העלים גם בבוקר, ריקבון שורשים וכתמים חומים על הפרי. בדוק את רטיבות המצע: תקע אצבע לעומק 5 ס״מ, אם האדמה יבשה, הגיע זמן השקיה; אם רטובה, המתן עוד יום.
במזג אוויר קיצוני, כגון גלי חום עם טמפרטורות מעל 35°C, ייתכן שיהיה צורך להשקות פעמיים ביום, בוקר ואחה״צ מאוחר. הוסף שכבת חיפוי (קש, גזם או קומפוסט) סביב בסיס הצמח כדי לשמור על לחות הקרקע ולהפחית אידוי. זכור: קישוא צהוב רגיש מאוד לשינויים חדים בהשקיה, הקפד על סדירות.
