המחלות העיקריות באבטיח הן פטרייתיות. טחב אבקתי (Powdery mildew) מופיע ככתמים לבנים אבקתיים על עלים, בעיקר בסוף האביב כשיש הפרשי טמפרטורה בין יום ללילה. טחב פלומתי (Downy mildew) נראה ככתמים צהובים-חומים מתחת לעלה, ומתפשט במזג אוויר לח. ריקבון רך (Bacterial soft rot) תוקף פירות במגע עם אדמה לחה, בעיקר בקיץ חם ולח. למניעת מחלות: השקו בטפטוף ולא ממעלה (לשמור על עלים יבשים), שתלו במרחקים של 1 עד 1.5 מ' בין צמחים לאוורור, והימנעו מהשקיית יתר. לטיפול אורגני: רססו תמיסת סודה לשתייה (1 כפית סודה + 1/2 כפית סבון נוזלי בליטר מים) נגד טחב אבקתי, או תמיסת חומץ תפוחים (1:10 מים) נגד טחב פלומתי, פעם בשבוע. לריקבון: הרימו פירות מהאדמה בעזרת רשת או קש.
מזיק נוסף הוא התריפס (Thrips), הגורם לכתמים כסופים על עלים ולעיוותים בפריחה. הוא פעיל באביב ובקיץ. גם זחלי עשים (Caterpillars) עלולים לנגוס בעלים ובפרי, חפשו גללים קטנים על העלים. נגד תריפס: רססו שמן נים או תמיסת שום (3 שיני שום כתושות בליטר מים, מסננים ומרססים). נגד זחלים: קטפו ידנית בבוקר, או רססו תמיסת BT (Bacillus thuringiensis), חיידק טבעי הפועל על זחלים בלבד, בטוח לסביבה. יש למרוח בערב כשהדבורים אינן פעילות.
מניעה כוללת גם בחירת זנים עמידים (כמו 'מלי' או 'סוכריית'), שתילה במיקום עם שמש מלאה (לפחות 8 שעות), וחיזוק הצמח בדשן מאוזן דל חנקן (למשל דשן 5 עד 10 עד 10) פעם בחודש. הימנעו מדישון יתר בחנקן שמעודד צמיחה רכה הרגישה למזיקים. בסוף העונה, הסירו את כל שאריות הצמח מהגינה כדי למנוע נגיעות בשנה הבאה. אם המזיקים או המחלות חמורים, התייעצו עם מדריך מוסמך או השתמשו בתכשיר ייעודי, קראו תמיד את התווית.
