שעועית לימה, כמו שאר הקטניות, היא צמח חסכן בדשן: היא חיה בסימביוזה עם חיידקים מקבעי חנקן השוכנים בשורשיה ומספקים לה את רוב החנקן הדרוש. לכן, דישון חנקני כבד דווקא מזיק, הוא מעודד צימוח עלווה על חשבון הפריחה והתרמילים, ואף עלול לעכב את פעילות החיידקים. בגינה הביתית בישראל, ההמלצה היא להסתפק בדשן אורגני מאוזן ודל חנקן, המותאם לשלבי הגידול.
לפני הזריעה: שבוע עד שבועיים לפני הזריעה, פזר קומפוסט איכותי או זבל אורגני מעובד היטב (כגון זבל פרות או תרנגולות מפורק) בשכבה דקה של 2 עד 3 ס"מ על פני הערוגה, ועדכן קלות באדמה. המינון: כ-2 עד 3 ק"ג קומפוסט למ"ר. זה יספק את אבות המזון הבסיסיים (זרחן, אשלגן ומיקרו-אלמנטים) מבלי להעמיס חנקן. אין צורך בדשן כימי חנקני בשלב זה.
במהלך הגידול (אביב-קיץ): כאשר השתילים מגיעים לגובה 15 עד 20 ס"מ, אפשר להוסיף דשן אורגני נוזלי דל חנקן (למשל דשן אצות ים או דשן דגים מדולל לפי הוראות היצרן) פעם בשבועיים עד תחילת הפריחה. לחלופין, פזר קומפוסט נוסף (1 עד 2 ס"מ) סביב בסיס הצמחים כל 3 עד 4 שבועות, והשקה קלות. חשוב להימנע מדישון יתר, סימן לעודף חנקן הוא עלווה ירוקה כהה ומבריקה עם מעט פרחים.
בתקופת הפריחה והקטיף (סוף האביב עד הקיץ): הפסק כל דישון חנקני. בשלב זה הצמח כבר מייצר את החנקן שלו. אם נראה עיכוב בפריחה או תרמילים קטנים, ניתן להוסיף דשן אורגני עשיר באשלגן וזרחן (כגון אבקת סלע פוספט או אשלגן מגנזיום סולפט טבעי) במינון נמוך, למשל כפית למ"ר אחת לשבועיים. דישון מאוזן זה מעודד חניטת תרמילים ומשפר את איכות היבול.
