האורגנו היווני (Origanum vulgare subsp. hirtum) הוא צמח עמיד יחסית, אך בישראל החמה והלחה הוא עלול להיתקף במזיקים ומחלות. המפתח הוא מניעה: אוורור טוב, השקיה מתונה ובדיקה שבועית של העלים. ברוב המקרים, טיפול אורגני פשוט יעיל יותר מריסוס כימי, ושומר על טעמו החזק של הצמח.
המזיקים הנפוצים ביותר הם כנימות (ירוקות או שחורות) המופיעות באביב ובסתיו על נצרים צעירים. הן מחלישות את הצמח ומפרישות טל דבש שעלול לגרום לפטריית פיח. טיפול: ריסוס במי סבון עדינים (כפית סבון כלים ירוק בליטר מים) כל 3 ימים למשך שבוע, או שטיפה חזקה במים. כנימות קמחיות דורשות הסרה ידנית עם צמר גפן טבול באלכוהול.
אקריות (קרדית עכביש) מופיעות בקיץ החם והיבש, וגורמות לעלים מצהיבים עם קורים דקים. טיפול: הגברת לחות סביב הצמח (התזה עדינה בבוקר), וריסוס בתמיסת שמן נים (5 מ"ל לליטר) פעם בשבוע. גם ריסוס במים חזק מסייע להפיל אותן. במקרים קשים, ניתן להשתמש בקוטל אקריות אורגני על בסיס זרחן אורגני (יש לבדוק תווית).
מחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי וריקבון שורשים נגרמות מעודף לחות. טחב אבקתי נראה כמו אבקה לבנה על העלים, טפלו בתמיסת סודה לשתייה (כפית בליטר מים) כל שבוע. ריקבון שורשים מתבטא בהשחמת הגבעול ונבילה, יש להפסיק להשקות מיד, להוציא מהעציץ, לגזום שורשים רקובים ולהשתיל באדמה מנוקזת. למניעה: השקו רק כשהאדמה יבשה בעומק 2 ס"מ.
