כרפס הוא צמח עדין המושך מזיקים רבים. בישראל, הכנימות (בעיקר כנימת הכרפס השחורה) והאקריות (קרדית העכביש האדומה) הן האויבות העיקריות. הכנימות נצמדות לצד התחתון של העלים ולגבעולים, גורמות לעיוותים ולהפרשת דבש המושך פטריות. האקריות מופיעות בתנאי יובש וחום, ויוצרות קורים דקים ונקודות צהבהבות על העלים. בנוסף, זבוב העלים (Liriomyza) חופר מנהרות בעלים, ושבלולים וחלזונות אוכלים חורים בעלים רכים.
למניעה אורגנית, התחל בהרחקת עשבים מסביב לערוגה, הם משמשים בית גידול למזיקים. שתילת צמחים דוחי מזיקים כמו ציפורני חתול, בזיליקום או נענע לצד הכרפס תסייע. השקיה סדירה ומאוזנת (ללא הרטבת העלים) תמנע התפתחות פטריות. ריסוס מונע בתמיסת סבון רך (2 כפות סבון נוזלי לליטר מים) פעם בשבועיים ידלל אוכלוסיות כנימות ואקריות.
אם כבר הופיעו מזיקים, טפל מיד. לכנימות ואקריות, רסס בתמיסת שמן נים (5 מ"ל לליטר מים) או בתמיסת שום (3 שיניים כתושות מושרות בליטר מים ללילה, מסוננות). לזבוב העלים, הסר עלים נגועים והשתמש במלכודות דביקות צהובות. לשבלולים, פזר קליפות ביצים מרוסקות או רסיסי קרמיקה סביב הצמחים, או הנח מלכודות בירה. בכל ריסוס, הקפד לכסות את צדי העלים ולחזור לאחר גשם.
מחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי וריקבון רך תוקפות בתנאי לחות גבוהה. טחב אבקתי מופיע כציפוי לבן על העלים, טפל בתמיסת סודה לשתייה (1 כפית לליטר מים) או בתמיסת חלב (1:9 מים). ריקבון רך (Erwinia) גורם להרקמות רכות וריח רע, הסר מיד צמחים נגועים, הימנע מהשקיית יתר, ושפר ניקוז. למניעה, שתל במרחקים מתאימים לאוורור טוב, והשקה בבוקר כדי שהעלים יספיקו להתייבש.
