עץ הנקטרינה זקוק להשקיה סדירה לאורך כל השנה, אך הכמות והתדירות משתנות באופן דרמטי בין הקיץ החם לחורף הגשום. בקיץ הישראלי (יוני עד ספטמבר), כשהטמפרטורות נוסקות מעל 30°C, יש להשקות את העץ לעומק כל 3 עד 5 ימים, תלוי בסוג הקרקע. בגינה באדמת חרסית, כל 5 ימים מספיק; בקרקע חולית, כל 3 ימים. בכל השקיה יש לתת 30 עד 50 ליטר מים לעץ בוגר (גובה 3 עד 4 מטרים), כך שהמים יחדרו לעומק 50 עד 70 ס"מ. השקיה שטחית וקלילה תגרום לשורשים להישאר קרוב לפני הקרקע ותפגע בעץ.
באביב (מרץ עד מאי) ובסתיו (אוקטובר עד נובמבר), כשהטמפרטורות מתונות יותר, יש להפחית את התדירות להשקיה כל 7 עד 10 ימים. כמות המים תישאר דומה, 30 עד 50 ליטר לעץ בוגר, אך יש לשים לב לגשמים: אם ירד גשם משמעותי (מעל 20 מ"מ), דלגו על ההשקיה. בחורף (דצמבר עד פברואר), העץ נמצא בתרדמת וזקוק למינימום מים. השקו רק בתקופות יובש ממושכות (ללא גשם מעל שבועיים), 15 עד 20 ליטר לעץ כל 14 עד 21 יום. השקיית יתר בחורף עלולה לגרום לריקבון שורשים.
איך תדעו אם העץ מקבל מים במידה הנכונה? סימן לעודף מים הוא עלים מצהיבים הנושרים בטרם עת, קליפת גזע רכה או עובש על פני הקרקע. לעומת זאת, חוסר מים מתבטא בעלים נבולים (בעיקר בשעות הצהריים), קצוות עלים יבשים וחומים, והפרי קטן ומקומט. הדרך המדויקת לבדוק היא לתקוע מפתח או מוט מתכת דק לעומק 30 ס"מ ליד העץ: אם הוא יוצא רטוב, דחו את ההשקיה; אם יבש, הגיע הזמן להשקות.
טיפ חשוב: השקו תמיד בבסיס הגזע (בתוך טבעת השקיה) ולא על העלים, זה מונע מחלות פטרייתיות. בערב או בשעות הבוקר המוקדמות, כשהתאדות מינימלית. אם העץ גדל בעציץ, בדקו רטיבות עם האצבע: האדמה צריכה להיות לחה אך לא רטובה. זכרו, נקטרינה רגישה לעודף מים, ולכן עדיף להשקות מעט פחות מאשר יותר. עם השקיה נכונה, תזכו לפרי מתוק ועסיסי כל קיץ.
