נקטרינה, כמו אפרסק, רגישה למזיקים נפוצים במטעי ישראל. הכנימתית (כנימה ירוקה) מופיעה באביב על עלים צעירים, גורמת לעיוותים ולהפרשת דבש שמזמין פטריית פייחת. גם האקרית האדומה (קרדית) פוגעת בעלים בקיץ, וגורמת להצהבה ונשירה מוקדמת. בנוסף, זבוב הפירות הים-תיכוני הוא איום ממשי על הפרי המבשיל, ההטלה גורמת לריקבון פנימי ולנפילת פירות.
מחלות פטרייתיות שכיחות: טחב אבקתי (לבן על עלים ופרי) מופיע באביב בלחות גבוהה, ומחלת המסילה (Gnomonia) גורמת לחורים בעלים ולנשירה. ריקבון חום (Monilinia) תוקף פירות מבשילים ומתבטא בכתמים חומים כהים שמתפשטים במהירות. כל אלו מתעצמים בעונות רטובות או השקיית יתר.
לטיפול אורגני: נגד כנימות ואקריות, ריסוס בתמיסת סבון רך (2 כפות לליטר מים) או שמן נים (1 מ"ל לליטר) כל 7 עד 10 ימים. נגד טחב אבקתי, תמיסת סודה לשתייה (1 כפית לליטר+כמה טיפות סבון). נגד ריקבון חום, הסרת פירות נגועים מידית וריסוס בתכשיר נחושת (לפי הוראות יצרן) בסוף החורף לפני פריחה. נגד זבוב הפירות, תליית מלכודות פרומון או רשתות צל עדינות על העץ.
מניעה היא המפתח: גיזום אוורור בתחילת החורף להסרת ענפים חולים, ניקוי עלים ופירות שנשרו, השקיה בטפטוף בלבד (הימנע מהרטבת עלווה) ודישון מאוזן לחיזוק העץ. בדוק את העלים והפרי מדי שבוע, גילוי מוקדם חוסך טיפולים מורכבים. זכור לקרוא תמיד את תווית התכשיר לפני השימוש.
