מזיק נפוץ בצנון הוא הכנימה העדכנית (Aphis gossypii), המופיעה כמושבות ירוקות או שחורות על העלים הצעירים וגורמת לעיוותים ולנשירת עלים. בישראל היא פעילה בעיקר באביב ובסתיו. טיפול אורגני: ריסוס בתכשיר סבון אשלגני (לדוגמה, סבון אורגני בריכוז 2 מ"ל לליטר) או שמן נים (5 מ"ל לליטר) כל 5 עד 7 ימים. יש לכוון לחלק התחתון של העלים ולחזור על הטיפול עד להיעלמות הכנימות.
מזיק נוסף הוא זבוב הצנון (Delia radicum), זבוב קטן שמטיל ביצים ליד שורש הצנון, והרמות (רימות) חודרות לשורש וגורמות למחילות וריקבון. מניעה: כיסוי האדמה ברשת צלוליין (50 מש) מיד לאחר הזריעה למשך שבועיים, או שתילת צנון לצד בצל או שום הדוחים את הזבוב. במקרה של נגיעות, הסר צמחים נגועים ואל תשתול צנון באותו מקום בשנה הבאה.
מחלות פטרייתיות נפוצות: טחב פלומתי (Peronospora parasitica), כתמים צהובים-חומים בצד העליון של העלה ועובש אפור-סגול בצד התחתון. מופיע בלחות גבוהה ובטמפרטורות 15 עד 20°C. טיפול אורגני: ריסוס בתמיסת סודה לשתייה (5 גרם לליטר) או בתכשיר נחושת אורגני (לפי הוראות התווית). יש להקפיד על אוורור טוב ולהשקות בבוקר כדי שהעלים יספיקו להתייבש.
ריקבון רך (Erwinia carotovora), ריקבון מימי וריח רע בשורש, נגרם מחיידק החודר דרך פציעות. מניעה: הימנע מפציעות שורש בעת ניכוש, השקיה אחידה (ללא הצפה), ושתילה בערוגות מנוקזות היטב. אם מופיע ריקבון, הסר מיד את הצמח הנגוע והשלך לפח (לא לקומפוסט). חיטוי האדמה בתמיסת מי חמצן 3% (1:10 מים) יכול לעזור להפחית את האוכלוסייה החיידקית.
