בישראל, עונת הקטיף האידיאלית של בזיליקום משתרעת מאפריל עד אוקטובר, אז הטמפרטורות גבוהות והצמח בשיא צמיחתו. הסימן המובהק לבשלות הוא הופעת 4–6 זוגות עלים מלאים על כל ענף. אל תחכה לפריחה – ברגע שהצמח מתחיל לשלוח עמודי תפרחת, העלים מאבדים מטעמם והצמח מתחיל להזדקן. לכן, קטוף לפני הופעת ניצני פרחים.
טכניקת הקטיף הנכונה היא קריטית לעידוד צמיחה מחודשת. השתמש במספרי גיזום נקיים או בציפורן, וחתוך את הגבעול ממש מעל זוג העלים השני מלמטה (כלומר, השאר לפחות 2–3 זוגות עלים על הצמח). חתוך בזווית של 45 מעלות כדי למנוע הצטברות מים על החתך. לעולם אל תקטוף עלים בודדים – זה מחליש את הצמח ואינו מעודד התחדשות.
הזמן הטוב ביותר לקטיף הוא הבוקר המוקדם, לאחר שהטל התייבש אך לפני שהשמש כבדה. אז השמנים האתריים בריכוז הגבוה ביותר והעלים עסיסיים. הימנע מקטיף בשעות הצהריים החמות או כשיש טל כבד – עלים רטובים נוטים להירקב במהירות באחסון. קטוף באופן רציף כל שבועיים-שלושה, וכך תשמור על הצמח צעיר ומלא.
לאחר הקטיף, שטף את העלים במים קרים וייבש בעדינות במגבת או במסננת. אחסן במקרר בשקית ניילון מחוררת או עטוף במגבת נייר לחה – כך הם ישמרו על רעננותם עד 5–7 ימים. לזמן ארוך יותר, הקפא את העלים במגש קוביות קרח עם מים או שמן זית. לעולם אל תשים בזיליקום טרי במקפיא בלי נוזלים – הוא יהפוך לעיסה שחורה.
