זעתר התה (Thymus serpyllum) הוא צמח תבלין עמיד יחסית, אך בתנאי גידול לא מאוזנים עלולים להופיע מזיקים ומחלות. המזיקים הנפוצים ביותר בארץ הם כנימות עלה (Aphidoidea) ואקריות (קרדית עכביש, Tetranychus urticae). הכנימות מופיעות בעיקר באביב ובסתיו, יונקות מוהל מהעלים הצעירים ומפרישות טל דבש שעלול לגרום לפטריית פיח. האקריות פוגעות בצמח בקיץ החם והיבש, וגורמות לעלים להצהיב ולהתכסות בקורים דקים.
מחלות פטרייתיות תוקפות בעיקר בתנאי לחות גבוהה וניקוז לקוי. המחלה הנפוצה ביותר היא ריקבון שורשים (Pythium, Rhizoctonia) המתבטאת בהשחמת השורשים ובנבילת הצמח. מחלה נוספת היא טחב אבקתי (Erysiphaceae), ציפוי לבן דמוי קמח על העלים, המופיע בסוף האביב או בתחילת הסתיו כשיש הפרשי טמפרטורה בין יום ללילה.
לטיפול אורגני בכנימות ובאקריות, ריססו את הצמח בתמיסת סבון אשלגני רך (1 כפית סבון נוזלי לליטר מים) פעם ב-3 עד 4 ימים למשך שבועיים. אפשר גם לרסס בחליטת שום (20 גרם שום כתוש לליטר מים, להשרות לילה ולסנן). במקרה של אקריות, הגבירו לחות סביב הצמח על ידי ערפלול במים, האקריות שונאות לחות. למניעת ריקבון שורשים, הקפידו על ניקוז מעולה (אדמה חולית, עציץ עם חורי ניקוז) והשקיה מתונה, השקו רק כשהאדמה יבשה בעומק 2 עד 3 ס"מ. לטחב אבקתי, רססו בתמיסת 1 כף סודה לשתייה ו-1 כפית שמן צמחי לליטר מים, פעם בשבוע למשך 3 שבועות.
מניעה היא המפתח: שתלו זעתר התה במקום שטוף שמש (6 עד 8 שעות אור ישיר), עם מרווחים של 30 עד 40 ס"מ בין צמחים לאוורור טוב. גיזום קל לאחר הפריחה (אפריל-מאי) מסיר עלים חולים ומעודד צמיחה מחודשת. הימנעו מהשקיית יתר ודישון חנקני מוגזם, דשן מאוזן (10 עד 10 עד 10) פעם בחודש באביב ובסתיו בלבד. אם הצמח נגוע קשות בריקבון שורשים, יש להוציאו, לחתוך שורשים רקובים, לשתול במצע חדש ולחכות חודש לפני השקיה.
