קצח (Nigella sativa) הוא צמח תבלין עמיד יחסית, אך לעיתים הוא מותקף על ידי מזיקים ומחלות. המזיקים הנפוצים ביותר הם כנימות (Aphids) ואקריות (spider mites), במיוחד בתנאי יובש ולחץ. מחלות פטרייתיות כמו ריקבון שורשים (Fusarium, Pythium) וכתמי עלים (Alternaria, Botrytis) מופיעות בעיקר בעונת הגשמים או בהשקיית יתר. חשוב לזהות מוקדם ולטפל באופן אורגני כדי לשמור על הצמח בריא.
כנימות מופיעות כמושבות קטנות על הגבעולים הרכים וצדם התחתון של העלים, וגורמות לעיוותים ולהפרשת דבש. הטיפול האורגני: ריסוס בתערובת של מים וסבון כלים עדין (כפית אחת לליטר מים) כל 3 עד 4 ימים, או שימוש בשמן נים (neem oil) בריכוז 0.5% (5 מ"ל לליטר מים) פעם בשבוע. אפשר גם לשחרר מושיות (חיפושיות) כטורפים טבעיים. חשוב לשטוף את העלים במים חזקים לפני הריסוס.
אקריות (קרדית עכביש) גורמות לכתמים צהובים דקים על העלים ולקורים דקיקים. הן פורחות בתנאי יובש. הטיפול: הגברת הלחות סביב הצמח על ידי ריסוס מים על העלים בבוקר, וריסוס בתמיסת שום או פלפל חריף (3 שיני שום כתושות בליטר מים, מסננים ומרססים כל 5 ימים). במקרים קשים, שמן נים. מניעה: השקיה סדירה ושמירה על לחות אוויר.
מחלות פטרייתיות כמו ריקבון שורשים נגרמות מעודף מים. סימנים: נבילה, הצהבה וריקבון בשורשים. הטיפול: הפסקת השקיה מידית, שיפור ניקוז הקרקע, והוספת טריכודרמה (Trichoderma) לקרקע לפי הוראות היצרן. לכתמי עלים, הסרת עלים נגועים וריסוס בתמיסת סודה לשתייה (כפית אחת לליטר מים) או תמצית זנב סוס (Equisetum arvense). מניעה: השקיה בבוקר בלבד, מרווחי שתילה של 20 ס"מ לפחות, והימנעות מהרטבת העלים.
