השותפים המומלצים ביותר לבזיליקום לימוני הם עגבניות, פלפלים, חצילים, קישואים ורוזמרין. עגבניות ופלפלים נהנים מהדחת מזיקים (כמו כנימות וזבובונים) שהבזיליקום מפיק, ובתמורה מספקים צל חלקי. רוזמרין דוחה חרקים רעים ומושך מאביקים. גם ציפורני חתול (קלנדולה) וצנונית משפרים את בריאות הקרקע ומושכים חרקים מועילים. שתלו אותם במרחק של 30–40 ס״מ מהבזיליקום.
מנגד, הימנעו מלשתול לצד הבזיליקום הלימוני: מרווה, שומר, מלפפונים (תחרות על מים ומחלות נפוצות), ושאר בני משפחת השפתניים (כמו נענע, אורגנו, טימין) — הם עלולים להצל האחד על השני ולמשוך מזיקים משותפים. גם שמיר ובזיליקום רגיל (Ocimum basilicum) עלולים להכליא, אז הרחיקו אותם לפחות 2 מטר אם אתם רוצים לשמור על טוהר הזן.
בגינה הישראלית, הקפידו על השקיה סדירה (כל 2–3 ימים בקיץ, כל 5–7 ימים בחורף) ועל דישון קל כל שבועיים בדשן נוזלי מאוזן. גיזום תכוף (צביטת קצות הענפים) מעודד התפתחות צדדית ומונע מהצמח להיכנס לפריחה מוקדמת. ככל שתקטפו יותר, הצמח יגדל יותר. זכרו: בזיליקום לימוני רגיש לקרה — שתלו אחרי סוף הכפור (מרץ-אפריל) או הגנו עליו בלילות קרים.