בזיליקום לימוני רגיש לכנימות עלה (Aphidoidea) שמתקבצות בצד התחתון של העלים ובצמיחה החדשה. הן מפרישות טל דבש שמזמין פטריות אוויריות כמו פייחת (Sooty mold). טיפול אורגני: ריסוס בתמיסת סבון אשלגן רך (1 עד 2 מ"ל לליטר מים) או שמן נים (3 מ"ל לליטר) אחת ל-5 עד 7 ימים, עד להעלמות הכנימות. חיזוק עם חומרי הדברה ביולוגיים כמו זחלי רחפנים או צרעות טפיליות.
אקריות (קרדית) כמו קרדית העכביש האדומה (Tetranychus urticae) תוקפות בתנאי חום ויובש. הסימנים: נקודות צהובות על העלים וקורים דקים. טיפול: שטיפה חזקה של הצמח במים פעם ביומיים, הגברת הלחות סביבו (הנחת מגש מים עם חלוקי נחל), וריסוס בתמיסת שמן נים או תכשיר על בסיס חומצות שומן (1 עד 2 מ"ל לליטר). במזג האוויר הישראלי, כדאי לרסס מונע בשבועות החמים (יולי-אוגוסט).
ריקבון שורשים (Pythium, Rhizoctonia) מופיע בעיקר מעודף השקיה או ניקוז לקוי. העלים מצהיבים, נובלים והגבעול משחים ליד הקרקע. טיפול: הפסקת השקיה מיד, הוצאת הצמח מהעציץ, גיזום שורשים רקובים, שתילה מחדש במצע מנוקז היטב (תערובת כבול, פרלייט וקומפוסט). למניעה: השקיה רק כשהשכבה העליונה יבשה (2 עד 3 ס"מ), תדירות 2 עד 3 פעמים בשבוע בקיץ ופעם בשבוע בחורף.
פטריית הטחב האבקתי (Erysiphaceae) מופיעה כציפוי לבן על עלים, בעיקר בערבי קיץ לחים. טיפול אורגני: ריסוס בתמיסת סודה לשתייה (1 כפית לליטר מים) בתוספת 2 עד 3 טיפות סבון כלים, פעם ב-5 ימים. גיזום עלים נגועים ושיפור האוורור סביב הצמח. מניעה: השקיית בוקר (להספיק להתייבש לפני הלילה), מרווח של 30 עד 40 ס"מ בין צמחים.
