שומר פשוט (Foeniculum vulgare) הוא צמח עמיד יחסית, אך בישראל הוא עלול להיות מותקף על ידי כנימות עלה (Aphidoidea) וקרדיות (Acari). הכנימות מופיעות בדרך כלל באביב ובסתיו, בעיקר על נצרים צעירים ועלים רכים, וגורמות לעיוותים ולהפרשת טל דבש שמעודד התפתחות פטריות. הקרדיות, בעיקר קרדית האדום (Tetranychus urticae), פוגעות בעלים בתקופות יובש וחום, וגורמות לנקודות צהובות ולקורים דקים.
מחלות פטרייתיות נפוצות כוללות ריקבון שורשים (Fusarium ו- Pythium) הנובע מהשקיית יתר או ניקוז לקוי, ועלול לגרום לנבילה והצהבה. טחב אבקתי (Erysiphales) מופיע כציפוי לבן על העלים בעונות המעבר, במיוחד בלילות קרירים ולחים. זיהוי מוקדם הוא קריטי: הסר עלים נגועים מיד ושפר את האוורור סביב הצמח.
לטיפול אורגני בכנימות וקרדיות יש לרסס תערובת של שמן נים (Neem oil), כפית אחת לליטר מים, פעם בשבוע למשך 3 שבועות. ניתן גם להכין תרסיס שום: 5 שיני שום כתושות מושרות בליטר מים למשך לילה, מסננים ומרססים. נגד טחב אבקתי יש להשתמש בתמיסת סודה לשתייה: כפית סודה לשתייה וכפית סבון נוזלי בליטר מים, ריסוס כל 5 עד 7 ימים. לריקבון שורשים, הפסק מיד את ההשקיה, הוצא את הצמח, גזור שורשים רקובים והשתל מחדש באדמה מנוקזת היטב.
מניעה היא המפתח: השקה רק כשהאדמה יבשה בעומק 2 עד 3 ס"מ, שתול במרחק של 30 עד 40 ס"מ בין צמחים לאוורור טוב, ובחר זנים עמידים. גידול צמחים מלווים כמו שמיר, כוסברה או ציפורני חתול מושך חרקים טורפים טבעיים. הימנע מדישון חנקני עודף, שמחליש את הצמח ומעודד מזיקים. אם המזיק חמור, קרא את התווית של תכשיר אורגני מאושר לפני השימוש.
