עץ הפפאיה, יליד האזורים הטרופיים, זקוק להשקיה סדירה וקבועה לאורך כל השנה. בימי הקיץ הישראלי החם והלח, השקו את העץ 2 עד 3 פעמים בשבוע, ובתקופות גל חום קיצוני, אפילו מדי יום. בכל השקיה העניקו לעץ צעיר (שנה ראשונה) כ-10 עד 15 ליטר מים, ולעץ בוגר (מגיל שנתיים) כ-20 עד 30 ליטר, תוך פיזור המים על כל שטח חיפוי השורשים (מהגזע ועד לקו הטפטוף).
בחורף, כשהטמפרטורות יורדות והגשם יורד, הפחיתו את התדירות. השקו רק כשהמצע יבש במגע בעומק 5 עד 10 ס"מ, לרוב אחת ל-5 עד 7 ימים, ובגשם דליל, אחת ל-10 ימים. הימנעו מהשקיית יתר בחורף, כי שורשי הפפאיה רגישים לריקבון בקרקע קרה ועשויה. כמות המים בחורף: 5 עד 10 ליטר לעץ צעיר, 10 עד 15 ליטר לעץ בוגר.
כדי לבדוק אם העץ מקבל מים כראוי, בצעו בדיקת אצבע: חדרו לעומק 5 עד 7 ס"מ באזור השורשים. אם האדמה יבשה, השקו; אם לחה, דחו את ההשקיה. סימני חוסר מים: עלים נבולים בשעות הבוקר, קצוות עלים חומים, צמיחה איטית ונשירת פרחים. סימני עודף מים: עלים מצהיבים, נשירת עלים תחתונים, ריח רע מהקרקע וכתמים שחורים על הגזע.
שפרו את ניצול המים על ידי חיפוי (מלץ) אורגני בעובי 5 עד 7 ס"מ סביב העץ, במרחק 10 ס"מ מהגזע. השקו בטפטוף או בהצפה איטית למניעת נגר מים. בערב הקיץ, רצוי להשקות בשעות הבוקר המוקדמות כדי למנוע מחלות פטרייתיות. זכרו: פפאיה אוהבת מים, אבל לא רגליים רטובות.
