המזיקים הנפוצים ביותר על אשכולית בישראל הם כנימות (בעיקר כנימת ההדרים), אקריות (קרדית האדום והכסופה) וזבובי פרי. כנימות מופיעות כמושבות דביקות על נצרים צעירים ועלים, וגורמות לעיוותים ולצמיחת פטריית פייחת. אקריות קטנות ביותר, מזוהות על ידי גלדים כסופים על הפרי ועלים מנומרים. זבובי פרי מטילים ביצים בתוך הפרי, והרימות גורמות לריקבון פנימי.
המחלות העיקריות הן פטריית הפייחת (Fumagine), שכבה שחורה על עלים ופירות הנובעת מהפרשות כנימות; ריקבון חום של הפרי (Phytophthora), במיוחד בתנאי לחות גבוהה; וכתם שמן (Greasy spot), כתמים צהובים-חומים על עלים. גורמי הסיכון כוללים השקיית יתר, אוורור לקוי וצפיפות עצים.
לטיפול אורגני בכנימות: ריסוס בתערובת מים עם סבון אשלגני (10 מ"ל לליטר) או שמן נים (5 מ"ל לליטר), פעם בשבוע עד להעלמות. נגד אקריות: שמן פרפין רפואי (10 מ"ל לליטר), ריסוס רק בשעות הקרירות. נגד זבובי פרי: תליית מלכודות צהובות דביקות (2 עד 3 לעץ) וריסוס תמצית שום או צ'ילי. למחלות פטרייתיות: ריסוס בתמיסת סודה לשתייה (5 גרם לליטר) או נחושת אפס (בהתאם להוראות התווית, לא חורגים מהמינון).
מניעה היא המפתח: גיזום ענפים יבשים וצפופים לשיפור האוורור, ניקוי עלים שלכת מתחת לעץ, השקיה בטפטוף וישירות לשורשים (לא על העלים), וחיזוק העץ בדשן אורגני עשיר באשלגן (למשל קומפוסט). בדוק את העץ מדי שבוע, זיהוי מוקדם חוסך טיפולים מורכבים.
