בדיקת השורשים היא קריטית. הוצא בעדינות את הפלפלון מהעציץ. שורשים בריאים בצבע קרם או לבן, מוצקים. שורשים רקובים – חומים, שחורים, רזים, ולעיתים בעלי ריח רע. אם מצאת ריקבון, גזור את כל השורשים הפגועים בעזרת מספריים נקיות, הסר עלים רקובים, ושתל מחדש במצע חדש ומנוקז (תערובת של כבול, פרלייט וקליפות אורן). אל תשקה במשך 3-4 ימים לאחר ההשתלה.
אם המצע יבש לחלוטין והשורשים בריאים, הצמח פשוט צמא. השקה אותו בהשריה: הנח את העציץ בכלי עם מים פושרים למשך 15-20 דקות, עד שהמצע סופג מים מלמטה. לאחר מכן, תן לעודפי המים לנקז היטב. בעתיד, השקה כאשר שכבת הקרקע העליונה (2-3 ס"מ) יבשה למגע – בישראל, בקיץ כל 4-5 ימים, בחורף כל 10-14 ימים, תלוי בתנאי הבית.
זכור: הפלפלון רגיש לעודף מים. השקיית יתר היא הגורם השכיח ביותר לנבילה, ולעיתים ההצלה דורשת פעולה מהירה. אם הנזק חמור (רוב השורשים רקובים), קח ייחור מעלה בריא והשרש אותו במים או במצע לח – זוהי דרך טובה להתחיל מחדש. שמור על הצמח במקום מואר היטב באור עקיף, הרחק מטיוטות ומקרור (מתחת ל-15°C).