בזיליקום תאילנדי, עם ריח האניס המיוחד שלו, רגיש למזיקים נפוצים כמו כנימות עלה (Aphidoidea) ואקריות (Tetranychidae). הכנימות מופיעות בעיקר באביב ובסתיו, מתיישבות על עלים צעירים וגורמות לעיוותים ולהפרשת דבש שמזמין פטריות. האקריות, לעומת זאת, פורחות בקיץ יבש ומשאירות עלים מנוקדים בצבע צהוב-חום. בדקו את הצמח לפחות פעם בשבוע, במיוחד בצד התחתון של העלים.
לטיפול בכנימות, רססו תמיסת סבון רך (כף סבון כלים נוזלי בליטר מים) כל 3 עד 4 ימים למשך שבועיים. נגד אקריות, השתמשו בשמן נים (5 מ"ל לליטר מים) או בתמיסת שום-צ'ילי (2 שיני שום כתושות ו-2 פלפלי צ'ילי בליטר מים רותחים, מסננים ומרססים). חיזקו את הצמח בדשן אורגני מאוזן (למשל, דשן נוזלי דל חנקן) כדי להפחית רגישות.
מחלות פטרייתיות כמו טחב אבקתי (Erysiphaceae) וריקבון שורש (Pythium, Rhizoctonia) מופיעות בעיקר בעונת הגשמים או בהשקיית יתר. טחב אבקתי נראה כאבקה לבנה על העלים; טפלו בתרסיס סודה לשתייה (1 כפית סודה + 1/2 כפית סבון בליטר מים) פעם בשבוע. ריקבון שורש מתבטא בעלים נבולים וגבעולים רכים; הפסיקו להשקיה מיד, הוציאו את הצמח מהעציץ, גזרו שורשים רקובים ושתלו מחדש במצע מנוקז היטב.
מניעה היא המפתח: שתלו בזיליקום תאילנדי במקום מאוורר היטב, השקו בבסיס הצמח (לא על העלים), והימנעו מצפיפות. הוסיפו חיפוי קש סביב הגזע למניעת התזת מים. אם הצמח נגוע קשות, השמידו אותו כדי למנוע התפשטות. זכרו: בזיליקום תאילנדי רעיל לכלבים וחתולים במידה קלה (עלול לגרום להקאות), לכן הרחיקו מחיות מחמד.
