מכינים עציץ בקוטר 15–20 ס"מ עם ניקוד בתחתית וממלאים במצע קל ומנוקז היטב – תערובת של 50% כבול/קוקוס ו-50% פרלייט או ורמיקוליט מתאימה. שותלים את הזרע בעומק של 2–3 ס"מ כשהצד הקמור כלפי מעלה (הצד שבו נראה "גבשושית" קטנה). משקים קלות עד שהמצע לח אך לא רטוב, ומכסים את העציץ בשקית ניילון שקופה ליצירת אפקט חממה. מניחים במקום חמים (25–30 מעלות) עם אור עקיף. הנביטה אורכת 2–4 שבועות, אך לעיתים עד 6 שבועות.
לאחר שהנבט מוציא זוג עלים ראשון, מסירים את השקית ומעבירים את העציץ למקום מואר עם שמש ישירה של בוקר (4–6 שעות). בישראל, האביב (מרץ–אפריל) הוא הזמן האידיאלי להתחיל, כדי שהשתיל ייהנה מעונת גידול ארוכה. השתיל גדל לאט בשנה הראשונה – כ-20–30 ס"מ בשנה. השקיה: כל 3–4 ימים בקיץ, פעם בשבוע בחורף, תלוי במצע. דישון קל בדשן מאוזן (20-20-20) פעם בחודש בעונת הגדילה.
חשוב לדעת: עץ מנגו שגדל מזרע אינו נאמן לזן המקורי, וייתכן שייקח 6–10 שנים עד לפרי (אם בכלל). הפרי יהיה קטן יותר וסיבי, וטעמו לא צפוי. למי שרוצה פרי איכותי מומלץ לרכוש שתיל מורכב ממשתלה. עם זאת, גידול מזרע הוא חוויה לימודית מהנה, והעץ עצמו ירוק ויפה. בישראל ניתן לגדלו בעציץ במרפסת כל השנה, אך בחורף יש להגן מפני קרה (מתחת ל-5 מעלות) על ידי כיסוי או העברה לבית.