כנימות עלה מופיעות בדרך כלל בחורף ובאביב, בעיקר על העלים והגבעולים. הן מוצצות מוהל ומחלישות את הצמח. הטיפול האורגני המומלץ: ריסוס בתמיסת סבון רך (כפית סבון נוזלי טבעי בליטר מים) או שמן נים (5 מ"ל לליטר מים) אחת ל-5 עד 7 ימים. יש לחזור על הריסוס עד להיעלמות הכנימות. מניעה: שמירה על ניקיון הגינה והרחקת נמלים המטפחות כנימות.
אקריות הבצל (Steneotarsonemus laticeps) תוקפות את הבצל והעלים, וגורמות לעיוותים, כתמים חומים וצמיחה מעוכבת. הן קטנות מאוד וקשה לראותן. טיפול אורגני: ריסוס בגופרית רטובה (לפי הוראות היצרן) או בשמן נים. חשוב לטפל מיד עם הופעת התסמינים. מניעה: שימוש בבצלים בריאים בלבד, יבול סיבובי ואי שתילה במקום לח מדי.
ריקבון פטרייתי (בעיקר Fusarium ו-Botrytis) פוגע בבצל ובשורשים, במיוחד באדמה כבדה ומנוקזת גרוע. סימנים: עלים מצהיבים, ריח רע מהבצל, וריקבון רך. טיפול: הסרה מיידית של הצמחים הנגועים, שיפור ניקוז האדמה, והימנעות מהשקיית יתר. מניעה: שתילה באדמה מנוקזת היטב, מרווחי שתילה נאותים (10 עד 15 ס"מ בין בצלים), וחיטוי בצלים לפני שתילה בתמיסת אקונומיקה מדוללת (10% ל-10 דקות).
