עץ התפוז (Citrus × sinensis) רגיש לכמה מזיקים נפוצים בישראל. הכנימות העלולות (Toxoptera aurantii) מופיעות באביב על נצרים צעירים ועלים רכים, וגורמות לעיוותים ולהפרשת דבש שמזמין פטריות פיח. הטיפול האורגני כולל ריסוס בתמיסת סבון אשלגן (2 מ"ל לליטר מים) כל 5 עד 7 ימים, או שחרור מושית השבע (חיפושית טורפת) כמדביר ביולוגי. ניתן גם לשטוף את הכנימות בזרם מים חזק.
אקריות הדרים (Panonychus citri) פוגעות בעלים בקיץ יבש וגורמות לנקודות צהובות ולנשירה. הטיפול המומלץ הוא ריסוס בגופרית רטובה (3 גרם לליטר) בשעות הבוקר המוקדמות, הימנעות מריסוס בחום כבד. למניעה, שמירה על לחות סביבתית באמצעות חיפוי קרקע והשקיה בטפטוף תפחית את האוכלוסייה.
מחלות פטרייתיות כמו ריקבון חום (Phytophthora citrophthora) תוקפות את הגזע והשורשים בקרקע כבדה ומנוקזת גרוע. הסימנים: כתמים חומים-שחורים על הגזע והפרשת שרף. טיפול אורגני: שיפור ניקוז הקרקע, הימנעות מהשקיה ישירה על הגזע, ומריחת קוטל פטריות על בסיס נחושת (לפי הוראות התווית) על האזור הנגוע. למניעה, שתלו תפוז על כנה עמידה כמו טרויהר.
מחלת הפיח (sooty mold) אינה פוגעת ישירות בעץ, אך מכסה עלים בשכבה שחורה המפריעה לפוטוסינתזה. היא תוצאה של פעילות כנימות או חרקי מגן. הטיפול הוא הדברת המזיקים המפרישים דבש, ולאחר מכן שטיפת העלים במים וסבון עדין. גיזום אוורור יסייע לייבוש מהיר ויפחית את הפטרייה.
