שעועית ירוקה רגישה לכמה מזיקים נפוצים בגינה הישראלית. הראשונים שבהם הן כנימות (בעיקר כנימת שעועית שחורה) המופיעות על עלים צעירים וגבעולים. הן מפרישות טל דבש שמעודד התפתחות פטריית לווחה. שיטת ההדברה האורגנית היעילה ביותר היא ריסוס בתמיסת סבון אשלגן (20 מ"ל לליטר מים) כל 3 עד 4 ימים, או שחרור מושבות של כנימת-על (Aphidius colemani) בחממות.
אקריות (קרדית אדומה) פוגעות בשעועית בתנאי יובש וחום. הן מופיעות ככתמים צהובים-חומים על העלים וקורים דקים בצד התחתון. הטיפול האורגני כולל הגברת הלחות (השקיה בערפל) וריסוס בשמן נים (5 מ"ל לליטר) או בתמיסת שום-פלפל. חשוב לגזור עלים נגועים ולהרחיקם מהגינה.
מחלות פטרייתיות נפוצות הן טחב אבקתי (כתמים לבנים קמחיים) וחלודה שעועית (נגעים חומים-כתומים). טחב מופיע בסוף הקיץ כשהלחות גבוהה. יש להימנע מהשקיית עלים, להקפיד על מרווחי שתילה (30 ס"מ לפחות) ולטפל בתמיסת סודה לשתייה (1 כפית לליטר מים + 2 טיפות סבון) כל שבוע. חלודה מטופלת בהסרת עלים נגועים וריסוס בתמצית זנב-סוס.
ריקבון שורשים (Fusarium ו-Rhizoctonia) תוקף בעיקר באדמה כבדה ועודף השקיה. סימנים: נבילת עלים תחתונים וצמיחה מעוכבת. מניעה: שתילה בערוגות מוגבהות, השקיה מתונה (פעם ב-3 עד 4 ימים בקיץ), וחיטוי זרעים לפני שתילה בתמיסת תמצית קומפוסט. אין תרופה כימית יעילה, הסר צמחים חולים מיד.
