אקריות (קרדית אדומה) פוגעות בשעועית בתנאי יובש וחום. הן מופיעות ככתמים צהובים-חומים על העלים וקורים דקים בצד התחתון. הטיפול האורגני כולל הגברת הלחות (השקיה בערפל) וריסוס בשמן נים (5 מ"ל לליטר) או בתמיסת שום-פלפל. חשוב לגזור עלים נגועים ולהרחיקם מהגינה.
מחלות פטרייתיות נפוצות הן טחב אבקתי (כתמים לבנים קמחיים) וחלודה שעועית (נגעים חומים-כתומים). טחב מופיע בסוף הקיץ כשהלחות גבוהה. יש להימנע מהשקיית עלים, להקפיד על מרווחי שתילה (30 ס"מ לפחות) ולטפל בתמיסת סודה לשתייה (1 כפית לליטר מים + 2 טיפות סבון) כל שבוע. חלודה מטופלת בהסרת עלים נגועים וריסוס בתמצית זנב-סוס.
ריקבון שורשים (Fusarium ו-Rhizoctonia) תוקף בעיקר באדמה כבדה ועודף השקיה. סימנים: נבילת עלים תחתונים וצמיחה מעוכבת. מניעה: שתילה בערוגות מוגבהות, השקיה מתונה (פעם ב-3 עד 4 ימים בקיץ), וחיטוי זרעים לפני שתילה בתמיסת תמצית קומפוסט. אין תרופה כימית יעילה, הסר צמחים חולים מיד.
