האגבה האטומית (Agave parryi) היא צמח עמיד יחסית, אך אינה חסינה לחלוטין ממזיקים ומחלות, במיוחד בתנאי גידול לא מיטביים. המזיקים השכיחים ביותר הם כנימות קמחיות (Mealybugs) וכנימות מגן (Scale insects), המופיעות ככתמים לבנים או חומים על העלים. כמו כן, אקריות (Spider mites) עלולות להופיע בתנאי יובש קיצוניים, וליצור קורים דקים בצד התחתון של העלים. מחלות הפטרייתיות, כמו ריקבון שורשים (Root rot) וכתמי עלים, נגרמות בעיקר מעודף השקיה או ניקוז לקוי.
לטיפול בכנימות קמחיות ומגן, מומלץ להשתמש באלכוהול רפואי (70%), הרטב צמר גפן באלכוהול ונגב את המזיקים ישירות. במקרה של התפשטות, רסס בתמיסת סבון רך (1 כפית סבון כלים עדין בליטר מים) או בשמן נים (Neem oil) מדולל לפי הוראות היצרן. חזור על הטיפול כל 5 עד 7 ימים עד להעלמות. לאקריות, הגבר לחות סביב הצמח על ידי ריסוס מים על העלים (לא בשמש ישירה) או שימוש במכשיר אדים. במקרים קשים, רסס בשמן נים או בתמיסת שום (3 שיני שום כתושות בליטר מים, מסנן ומרסס).
המחלה המסוכנת ביותר לאגבה היא ריקבון שורשים, המתבטא בעלים צהובים, רכים או נושרים, וריח רע מהמצע. במקרה כזה, הפסק מיד להשקות, הוצא את הצמח מהעציץ, גזור שורשים רקובים (חומים, דביקים), וטבול את השורשים הנותרים בתמיסת קינמון טחון (מחטא טבעי) או במי חמצן 3% (1:4 מים). שתל מחדש במצע יבש ומנוקז היטב (תערובת קקטוסים עם פרלייט), והמנע מהשקיה במשך שבועיים לפחות. למניעת מחלות פטרייתיות, וודא ניקוז מושלם, השקה רק כשהמצע יבש לחלוטין, והשאר מרווח בין צמחים לאוורור טוב.
מניעה היא המפתח: בדוק את הצמח מדי שבוע, במיוחד בצד התחתון של העלים ובמרכז הרוזטה. הימנע מהשקיית יתר (בקיץ אחת ל-2 עד 3 שבועות, בחורף אחת ל-4 עד 6 שבועות), והשתמש במצע ייעודי לקקטוסים. הרחק צמחים נגועים מיד, ונקה עלים יבשים מסביב. אם את מגדלת אגבה בתוך הבית, אוורר את החדר מדי יום. זכור: טיפול כימי הוא מוצא אחרון, תמיד קרא את תווית החומר ורסס במקום מאוורר, הרחק מילדים וחיות מחמד.
