השלב השני הוא טיפול בשורשים. אם יש ריקבון שורשים (מהשקיית יתר), גזמו את כל השורשים הרכים והכהים עד לרקמה בריאה. שטפו את השורשים בתמיסת מי חמצן מדוללת (3% – כף אחת לליטר מים) לחיטוי. שתלו מחדש בעציץ נקי עם ניקוז טוב ובמצע חדש ומנוקז היטב (תערובת של 50% אדמה לגינה, 30% כבול ו-20% פרלייט או חול). אם אין ריקבון אבל השורשים צפופים מדי (עציץ קטן), העבירו לעציץ גדול יותר בקוטר 5-7 ס"מ מהקודם.
גיזום הוא קריטי להחייאה. גזמו את כל הענפים המתים, החולים או הפגועים – עד לרקמה ירוקה. קצרו ענפים ארוכים מדי בשליש עד חצי כדי לעודד צמיחה חדשה. הסירו עלים מצהיבים לגמרי. אל תשאירו עלים על הקרקע – הם מושכים מזיקים. אם הצמח נגוע בכנימות או קמחית, טפלו בתמיסת סבון רך (כפית סבון כלים נוזלי בליטר מים) – רססו פעם בשבוע למשך 3 שבועות. בחורף, הימנעו מדישון; באביב התחילו בדשן מאוזן (20-20-20) פעם בחודש, בחצי מהמינון המומלץ.
ההחלמה אינה מהירה – אל תצפו לתוצאות תוך ימים. ליסמין צהוב לוקח 4-8 שבועות להראות סימני התאוששות ראשונים: נצרים ירוקים חדשים בבסיס או על הענפים. במהלך תקופה זו, השקו בזהירות – רק כשהשכבה העליונה של האדמה יבשה (כ-2 ס"מ). הציבו את הצמח באור חזק אך מפוזר (לא שמש ישירה בצהריים). אל תזיזו אותו ממקום למקום – שינויי סביבה מלחיצים. לאחר חודשיים, אם אין שיפור, ייתכן שהנזק בלתי הפיך – אך רוב הצמחים המטופלים נכון חוזרים לחיים.