מחלות הפטרייתיות העיקריות בחבצלת החוף הן ריקבון בצל (הנגרם מפטריות מהסוג Fusarium או Rhizoctonia) וריקבון רך (Pythium). ריקבון הבצל מופיע בעיקר בקרקעות כבדות שאינן מנוקזות היטב, ומתבטא בהצהבת עלים, ריכוך הבצל וריח רע. מחלה נוספת היא כתם עלה פטרייתי (Stagonospora curtisii), הגורמת לכתמים חומים-אפורים על העלים, בעיקר בעונות לחות. יש לזכור כי רוב הפטריות מתפתחות בתנאי לחות גבוהה וניקוז לקוי.
לטיפול אורגני בכנימות, יש לרסס תמיסת סבון רך (סבון אשלגן טבעי), כפית סבון בליטר מים, אחת ל-5 עד 7 ימים. נגד אקריות אפשר להשתמש בשמן נים (3 מ"ל לליטר מים) או בתמיסת שום (שיני שום כתושות מושרות במים). לריקבון בצל, הפתרון הטוב ביותר הוא מניעה: שתילה במצע קל ומנוקז, הימנעות מהשקיית יתר, והסרה מיידית של בצלים נגועים יחד עם האדמה סביבם. אין לרסס קוטלי פטריות כימיים ללא זיהוי מדויק, קרא תמיד את הוראות התווית.
הדרך הטובה ביותר למנוע בעיות היא לספק לחבצלת החוף את תנאי הגידול האידיאליים: שמש מלאה, ניקוז מושלם, והשקיה מועטה (פעם בשבוע-שבועיים בקיץ, כמעט ללא מים בחורף). גיזום עלים יבשים בסתיו ופינוי פסולת מהערוגה מפחיתים את מקומות המסתור של מזיקים. אם מקפידים על אוורור טוב בין הצמחים ומרחקי שתילה (20 עד 30 ס"מ), תמנעו את רוב התחלואים. חבצלת החוף רעילה לבני אדם וחיות מחמד, שימו לב בעת טיפול בבצלים.
