מזיק נפוץ באלון הגליל הוא הכנימה (בעיקר כנימת האלון, Cinara spp.). תמצא אותן על ענפים צעירים ובצד התחתון של עלים, מפרישות טל דבש שעליו מתפתחת פטריית יניקה שחורה. נגיעות קלה לא מזיקה, אך התפשטות גדולה מחלישה את העץ. טיפול אורגני: ריסוס תמיסת סבון-שמן (1 כף סבון נוזלי + 1 כף שמן פרפין לליטר מים) כל 10 ימים, 3 פעמים. חיזוק העץ באמצעות דישון בזבל אורגני באביב ובסתיו.
אקריות (קרדית) תוקפות בעונות יבשות וחמות, בעיקר קרדית העלים (Eotetranychus spp.). סימנים: עלים מנומרים, גבשושיות בורדו, נשירה מוקדמת. טיפול אורגני: שטיפת העלים בזרם מים חזק (צינור) פעמיים בשבוע, או ריסוס גופרית רטובה (0.2%) בסוף החורף. הימנע מריסוס שמן בקיץ כדי לא לפגוע בעלים. שמירה על לחות סביב העץ (חיפוי קש) מפחיתה התפשטות.
מחלות פטרייתיות: חלודת האלון (Cronartium quercuum) מופיעה ככתמים צהובים-כתומים על עלים באביב. טפלו בהרחקת עלים נגועים ושיפור אוורור הגזע. ריקבון שורשים (Phytophthora spp.) נגרם מעודף מים, הקפד על ניקוז טוב, הימנע מהשקיה על הגזע, ובסימנים ראשונים (עלים נבולים, גזע כהה) חשף את צוואר השורש לייבוש. למניעה, שפר את המצע עם קומפוסט.
חיפושית האלון (Agrilus spp.) מטילה ביצים תחת הקליפה, והזחלים חופרים מנהרות שמחלישות את העץ. סימנים: חורי יציאה סגלגלים, קליפה סדוקה, ענפים מתים. טיפול: גיזום ענפים נגועים בחורף, צביעת גזע בסיד גנני (להגנה מפני חום וחדירת ביצים). במקרים קשים יש להתייעץ עם אגרונום. הדברה כימית תוך קריאת תווית בלבד.
