לטיפול בכנימות, השתמש בסבון רך או בשמן נים (Neem oil) בריכוז 1 עד 2 מ"ל לליטר מים, ורסס על העלים משני הצדדים אחת ל-5 עד 7 ימים. לאקריות, מרחו שמן גננות (horticultural oil) בריכוז 1% (10 מ"ל לליטר) בעונת האביב, לפני פריחה מלאה. במקרים קשים, ניתן לשלב תכשיר אורגני על בסיס פירתרום (קראו הוראות תווית). חשוב לחזור על הטיפול 3 עד 4 פעמים במרווחים כדי לשבור את מחזור החיים.
מחלות פטרייתיות כמו בוטריטיס (עובש אפור) מופיעות ככתמים חומים על עלים וניצנים, בעיקר באביב ובסתיו הגשומים. הסר עלים נגועים מיד ואוורר את הצמח על ידי גיזום דליל. למניעת ריקבון בצל, שתול במקום מנוקז היטב והמנע מהשקיית יתר, תן לאדמה להתייבש בין השקיות. טבילת הבצלים בתמיסת קוטל פטריות אורגני (נחושת או גופרית) לפני השתילה מסייעת. לעולם אל תשתול שושן באותה אדמה שבה היה נגוע בעבר.
מניעה היא הכלי החשוב ביותר: שמור על מרווחי שתילה (20 עד 30 ס"מ בין בצלים) לאוורור טוב, השקה בטפטוף ולא ממעל כדי למנוע רטיבות עלים, ודשן בדשן מאוזן דל חנקן (כגון 5 עד 10 עד 10) באביב. גידול לצד צמחים דוחי מזיקים כמו ציפורני חתול או בזיליקום יכול להפחית נגיעות. זכור: שושן צחור רעיל לחתולים ולכלבים (petSafe=false), ולכן הרחק מחיות מחמד וילדים.
