מחלות הפטרייתיות העיקריות בצבעוני הן ריקבון אפור (בוטריטיס) וריקבון בצל (פוסריום). הבוטריטיס מתבטא בכתמים חומים-אפורים על עלים ופרחים, בעיקר בתנאי לחות גבוהה. הריקבון הפוסריום תוקף את הבצל באדמה וגורם להצהבה ונבילה. מניעה: שתילה בבצל בריא ממקור מוסמך, הימנעות מהשקיית יתר (השקיה פעם ב-5 עד 7 ימים באביב בלבד), והקפדה על ניקוז טוב. טיפול אורגני: ריסוס בתמיסת סודה לשתייה (כפית לליטר) או חומץ תפוחים מדולל (1:10) פעם בשבוע כנגד בוטריטיס. במקרה של ריקבון בצל, הוצאת הצמח הנגוע והשלכתו הרחק מהגינה.
מחלה ויראלית נפוצה בצבעוני היא הפסיפס (וירוס תפוח האדמה Y), הגורמת לפסים צהובים-ירוקים בעלים ולעיוותי צבע בפרחים (פריחה מנומרת). הווירוס מועבר על ידי כנימות, ולכן הדברת הכנימות היא המניעה העיקרית. אין טיפול כימי לווירוס, יש לעקור צמחים נגועים ולשרפם (לא בקומפוסט). כמו כן, יש לחטא כלי גיזום בין צמחים בתמיסת אקונומיקה 10%.
מזיקים פחות נפוצים אך מטרידים: תריפסים (Thrips) הגורמים לכתמים כסופים ועיוותים, ונמטודות (תולעים מיקרוסקופיות) הפוגעות בשורשים. נגד תריפסים, ריסוס בשמן נים או בתכשיר מבוסס חומצות שומן. לנמטודות, טיפול מונע ביולוגי על ידי חיטוי הבצלים במים חמים (43°C למשך 30 דקות) לפני השתילה. חשוב: אין לשתול צבעוני באותה אדמה פעמיים ברצף, נדרש סיבוב יבול של 3 עד 4 שנים.
