מחלת חורי ירי נגרמת על ידי הפטריות Wilsonomyces carpophilus או Clasterosporium carpophilum. היא תוקפת בעיקר עצי גלעין כמו שקד, אפרסק, דובדבן ושזיף. החורים נוצרים כשהפטרייה יוצרת כתמים סגולים-חומים שמתייבשים ונושרים, ומשאירים חורים עגולים עם שפה חומה. המחלה מתפשטת בגשמי החורף ובאביב הלח. טיפול: ריסוס מונע בתערובת בורדו (נחושת) בסתיו לאחר שלכת העלים, ובאביב לפני פריחה. הסר עלים נגועים והרסם.
חדקוניות (Curculionidae) וחיפושיות לועסות יוצרות חורים עגולים ונקיים, לרוב בשולי העלה או במרכזו, ללא שפה חומה. לעיתים תראה את החיפושית עצמה או גללים. טיפול: איסוף ידני בלילה (בעזרת פנס), הדברה ביולוגית באמצעות נמטודות (Steinernema) או ריסוס בחומר המבוסס על pyrethrins (קרא תווית). התקן חגורות דבק על גזע העץ למניעת טיפוס.
חלזונות ושבלולים יוצרים חורים לא סדירים עם קצוות מחוספסים, ומותירים אחריהם שבילי רפש כסופים. הם פעילים בלילה ובימים לחים. טיפול: פיזור רפש נגד חלזונות (Ferramol) סביב הצמח, מלכודות בירה (צלוחית עם בירה קבורה באדמה), או איסוף ידני. צור מחסום פיזי של קליפות ביצים כתושות או אפר עץ סביב הגזע.
